1. PacBio測序平臺的技術原理?
利用 PacBio RS II/Sequel 進行全長轉錄組測序,平臺包含 16 個測序模塊(SMRT cell),每個 SMRT cell 包含 15 萬/100萬個測序單元(零模波導孔,ZMWs)。需要將 mRNA 進行反轉錄并進行環化處理,形成 CCS,每個 ZMW(零模波導孔)將容納 1 個 CCS 分子。由于全長轉錄組測序對 mRNA 不進行打斷,直接進行上機測序,而每個 CCS 的片段長度不同,較小的 CCS 會先落入 ZMWs 中,而導致長片段很難測到。因此,在文庫構建時,需要將 mRNA 根據長度分成不同的段,分別構建文庫和測序。
2. PacBio測序平臺測序方案有什么推薦?
對樣本進行分段處理,構建不同片段長度的文庫,我們推薦每個樣本構建3-6個文庫。 建議8-15G subreads。
3. 全長轉錄組測序分析內容包括哪些?
分析內容包括:轉錄本覆蓋度計算、轉錄本功能注釋、轉錄本GO 分類注釋、轉錄本 eggNOG分類注釋、轉錄本KEGG分類注釋、ORF分析、可變剪接分析等。