Shotgun蛋白質質譜鑒定
蛋白質全譜分析也可稱為質譜shotgun分析，指的是組分分析，研究對象是完整的組織、體液或其提
取物，其目的在于鑒定出盡可能多的肽和蛋白質分子。
技術原理：
蛋白質膠條/混合溶液鑒定
利用LC-ESI-MS/MS蛋白鑒定技術對膠條樣本（即SDS-PAGE樣本）、IP、co-IP、Pull-down等純化溶液
等中等復雜樣本進行蛋白鑒定。
技術原理：
電噴霧（ESI）技術是將待測分子溶解在溶劑中通過 HPLC 分離，以液相方式通過毛細管達到噴霧口，在噴霧口高壓電場作用下形成帶電荷的微滴，隨著微滴中的揮發性溶劑蒸發，微滴表面的電荷體密度隨半徑減少而增加，達到某一臨界點時，樣品以離子化的方式從液滴表面蒸發，進入質量分析器。
蛋白質膠點鑒定
利用MALDI-TOF/TOF蛋白鑒定技術對考/銀染的2D或DIGE膠點樣本或者較純的蛋白樣本進行蛋白鑒定。
技術原理：
MALDI-TOF/TOF（基質輔助激光解析電離飛行時間質譜）儀器主要由兩部分組成：基質輔助激光解析電離離子源（MALDI）和飛行時間質量分析器（TOF）?；|輔助激光解析（MALDI）技術是將樣品均勻包埋在基質中，基質吸收激光提供的能量而蒸發，攜帶部分樣品分子進入氣相，并將一部分能量傳遞給樣品分子使其離子化。TOF 的原理是離子在電場作用下加速飛過飛行管道，根據到達檢測器的飛行時間不同而被檢測，即測定離子的質荷比（M/Z）與離子的飛行時間成正比，從而檢測離子。
