利用全基因組重測(cè)序或簡(jiǎn)化基因組測(cè)序(dd-RAD)技術(shù)獲得某物種自然群體各亞群的基因組信息,通過(guò)與參考基因組比對(duì)或聚類(lèi)分析的方法得到大量變異信息,基于SNP信息討論群體的遺傳結(jié)構(gòu)、基因交流情況、物種形成機(jī)制以及群體進(jìn)化動(dòng)態(tài)等生物學(xué)問(wèn)題。
群體進(jìn)化研究可以獲取物種的變異信息,從而獲得生物群體的遺傳特征。探究群體進(jìn)化可以為動(dòng)植物遺傳育種和瀕臨滅絕的動(dòng)植物保護(hù)等提供理論依據(jù),同時(shí)也可以為地球地質(zhì)、生態(tài)、氣候、歷史人類(lèi)活動(dòng)變化的研究提供生物學(xué)佐證。
產(chǎn)品參數(shù)
基于重測(cè)序 | 基于簡(jiǎn)化 | |
測(cè)序平臺(tái)及模式 | Illumina Novaseq, PE150 | |
測(cè)序深度 | >50x/個(gè)體 | 混合建庫(kù);Tag數(shù)≥20萬(wàn),平均10x/Tag |
項(xiàng)目周期 | 標(biāo)準(zhǔn)分析40天 | 標(biāo)準(zhǔn)分析50天 |
樣本選擇 | 同一物種自然群體的不同亞種(或品系),每個(gè)亞群樣本數(shù)≥10; 群體數(shù)≥3;總體不少于30個(gè)樣本 | |
DNA樣本量 | 總量≥0.5 μg,濃度≥10 ng/μl (單個(gè)樣本) | 總量≥0.5 μg,濃度≥10 ng/μl (總樣本) |
參考基因組 | 必須有參 | 無(wú)參或參考基因組較大 |