分析項目 | 類別 | 分析 | 備注 |
原始數據整理、過濾及質量評估 | A | √ | |
與參考基因組序列比對 | A | √ | |
Peak Calling | A | √ | |
基因附近及Peak中心信號分布圖 | A | √ | |
Peak鄰近基因功能分析 | A | √ | |
差異Peak序列Motif及注釋分析 | A | √ | |
差異Peak鄰近基因功能分析 | A | √ | |
Overlap基因功能分析 | A | √ |
Peak Calling
使用統計學方法計算出參考基因組上比對上的 Reads 顯著富集的區域（稱為 Peak），這些區域在不同的實驗中表示不同的研究重點，獲得 Peak 后，可對 Peak 進行后續的 Peak 序列 Motif 分析、 Peak 注釋等分析，進一步挖掘感興趣的方向。Peak 在外顯子、內含子、5’UTR、3’UTR、基因間區等區域上的分布情況如下：
功能性區域Peak分布
Peak序列Motif分析
轉錄因子往往傾向于結合在特定的 DNA 序列上，這些 DNA 序列通常具有高度相似的核苷酸序列模式，即每個轉錄因子都有一個目標 DNA 序列的 Motif，公開發表的轉錄因子數據庫中一般記錄了轉錄因子對應的 Motif 信息。對 Peak 序列計算 Motif，在公共數據庫中搜索這些 Motif 對應的轉錄因子，即可得到此種狀態下染色質開放區可能結合的轉錄因子。
Motif分析示意圖
Peak鄰近基因GO富集分析
統計Peak鄰近基因顯著富集的GO條目，從而展示可能被轉錄因子調控的基因功能，對每個Peak鄰近基因進行GO注釋，得到其所有的GO功能條目。
GO富集柱狀圖
差異Peak鄰近基因Pathway富集分析
統計各個KEGG Pathway上包含的差異Peak鄰近基因數目及富集程度，進而確定差異Peak鄰近基因主要參與的代謝途徑和信號通路。
KEGG富集分析
Overlap基因分析
為了研究轉錄因子/組蛋白修飾是如何調控下游基因，通常要結合表達數據 RNA-seq 分析，進一步研究轉錄因子/組蛋白修飾的調控作用，即促進或抑制基因表達。
韋恩圖
