針對無參考基因組物種的轉錄組測序你們可以提供哪些分析內容?
常規信息分析內容如下:
1、序列拼接及拼裝統計;
2、Unigene功能注釋;
3、Unigene功能聚類分析;
4、Unigene的代謝途徑分析;
5、Unigene的表達差異分析(兩個或者兩個以上的樣本);
6、樣品間差異表達Unigene的富集分析(GO、KEGG);
7、樣品間差異Unigene的表達模式聚類分析(3個樣本及以上);
8、SNP鑒定;
9、SSR分析。
除了常規信息分析外,還可根據客戶需求,進行可選性信息分析,例如:基因共表達網絡分析、PCA分析、差異mRNA蛋白互作網絡分析、轉錄因子分析(適用于植物物種)、樣本特異表達及共有表達基因分析、樣品間相關性分析、mRNA與miRNA互作分析、mRNA與LncRNA互作分析、DEU分析(適用于有生物學重復)。