序號 | 分析項目 | 類別 | 分析 | 備注 |
1 | 數據整理 | A | ||
2 | 數據質控 | A | ||
3 | 數據獲取 | A | ||
4 | 基因組序列拼裝與分析 | A | ||
5 | 蛋白編碼基因預測 | A | ||
6 | 非編碼 RNA 預測 | A | ||
7 | 其他非編碼 RNA 預測 | A | ||
8 | CRISPRs 預測 | A | ||
9 | 原噬菌體預測 | B | ||
10 | 基因島預測 | B | 完成圖 | |
11 | 致病菌毒力因子（VFDB）分析 | B | ||
12 | 抗生素抗性（CARD）分析 | B | ||
13 | 碳水化合物活性酶（CAZy）分析 | B | ||
14 | 信號肽預測 | B | ||
15 | 跨膜螺旋預測 | B | ||
16 | 蛋白編碼基因的序列比對 | A | ||
17 | 蛋白編碼基因的 GO 注釋 | A | ||
18 | 蛋白編碼基因的 eggNOG 注釋 | A | ||
19 | 蛋白編碼基因的 KEGG 注釋 | A | ||
20 | 蛋白編碼基因的 Swiss-Prot 注釋 | A | ||
21 | 蛋白編碼基因的 TrEMBL 注釋 | C | ||
22 | 蛋白編碼基因的 Pfam 注釋 | C | ||
23 | 蛋白編碼基因的 CDD 注釋 | C | ||
24 | 蛋白編碼基因的 InterProscan 注釋 | C | ||
25 | 基因組圈圖繪制 | B | 完成圖 | |
26 | 基因組基本信息比較分析 | C | 參考基因組數量≥1 | |
27 | 泛基因組分析 | C | 參考基因組數量≥10 | |
28 | 基因家族分析 | C | 參考基因組數量≥1 | |
29 | 基于 16s rDNA 的系統發育樹重構 | C | 參考基因組數量≥2 | |
30 | 基于單拷貝基因的系統發育樹重構 | C | 參考基因組數量≥2 | |
31 | 基于 Mauve 的全基因組序列比對 | C | 參考基因組數量≥1 | |
32 | 基于 MUMmer 的全基因組序列比對 | C | 參考基因組數量≥1 | |
33 | 基因組數據上傳 | C | 提供相關數據 |
A+B： 完成圖標準分析內容； C： 個性化分析內容。
圖 1：Pan-Core 基因稀釋曲線
圖 2 ：共線性分析
