簡述真核轉錄組常規建庫流程
1)通過磁珠和mRNA的polyA結構將mRNA分離出來;
2)mRNA片段化;
3)mRNA反轉錄為雙鏈結構,第二鏈cDNA合成時,其中的堿基T,被替換成U,從而達到鏈特異性文庫的目的;
4)5’末端修復、3’末端加A;
5)加接頭;
6)選擇特異長度回收,一般為300bp;
7)PCR;
8)上機測序。
如何對得到的數目較多的差異基因進行后期驗證?
首先根據GO或者KEGG富集結果,或者客戶關注的基因,選取有代表性的進行qRT-RCR驗證。然后根據RPKM值,選擇RPKM值差異倍數答,同時p值小的基因進行qRT-RCR驗證。