Input是什么,有什么作用
input是指樣本經過超聲,但是沒有進行ChIP,包含樣本超聲后總DNA,可以進行電泳,檢測超聲效果,同時,可以與最后ChIP樣本進行比較,看ChIP的效率(如果用同一引物進行PCR,ChIP組和input組亮度差不多,說明ChIP效率高,基本上,樣本中所有的目的基因片段都被ChIP下來了,反之,說明效率低,實驗條件有待改進)
ChIP-seq測序需要多少數據量?
推薦20M reads /樣本的數據量。
文庫制備過程是否需要PCR 擴增?PCR 擴增后是否會影響最后的結果?
基于二代測序平臺的ChIP-Seq在文庫制備過程中需要進行PCR,主要是為了獲得足夠上機反應的DNA量,如果提供的DNA樣品足量,可減少PCR循環數。因此由PCR引起的偏向性小。