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科研服務

ChIP-Seq

常見問題

  • Input是什么,有什么作用

    input是指樣本經過超聲,但是沒有進行ChIP,包含樣本超聲后總DNA,可以進行電泳,檢測超聲效果,同時,可以與最后ChIP樣本進行比較,看ChIP的效率(如果用同一引物進行PCR,ChIP組和input組亮度差不多,說明ChIP效率高,基本上,樣本中所有的目的基因片段都被ChIP下來了,反之,說明效率低,實驗條件有待改進)

  • ChIP-seq測序需要多少數據量?

    推薦20M reads /樣本的數據量。

  • 文庫制備過程是否需要PCR 擴增?PCR 擴增后是否會影響最后的結果?                                    

    基于二代測序平臺的ChIP-Seq在文庫制備過程中需要進行PCR,主要是為了獲得足夠上機反應的DNA量,如果提供的DNA樣品足量,可減少PCR循環數。因此由PCR引起的偏向性小。                                    

  • DNA 片段范圍的跨度會對后續測序有影響嗎?

    有影響,定量準確性、測序質量與數據產量都可能受到影響,而且跨度越大,影響越大。通常我們要求打斷后DNA電泳主帶在100-500 bp 范圍內,主峰介于200-300 bp。目前在建庫過程中允許的最長跨度為200 bp。
  • ChIP-Seq是否需要做陰性對照測序?

    通常可以選擇Input作為對照進行測序,也可根據經費情況靈活安排。
  • 哪些因素會影響ChIP-Seq的結果?

    抗體的質量與特異性、實驗設計、ChIP的實驗操作、DNA片段長度范圍、測序深度、測序質量等都會影響ChIP-Seq的結果。
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