為什么CircRNA測序的研究比較熱?
1)多角度闡述分子生物學問題的需要;
2)從新的角度發現導致樣本存在差異的需要;
3)尋找影響疾病發生的分子標記;
4)探究circRNA的未知功能;
5)尋找導致microRNA表達發生變化的機理。
CircRNA測序需要多少數據量?
推薦10G clean data/樣本的數據量。
CircRNA測序的條件?
1. 有參考基因組,并且有CircRNA注釋信息;
2. 有相應的核糖體去除試劑盒。
CircRNA有哪些特點?
1. 大多存在于細胞質中,且序列高度保守;
2. 一般細胞或組織中,環狀RNA較穩定,半衰期在48h,其他mRNA(線性)半衰期約為10h;血清中的外顯子環狀RNA不穩定,半衰期<15s。
3. 不同細胞中表達的環狀RNA可能不同;
4. 同一個基因可能即產生線性mRNA,又可以轉錄成環狀RNA;
5. 總量估計,外顯子環狀RNA(exonic ciRcRNA)的量約為polyA mRNA(線性mRNA)的1%;占非核糖體RNA的0.8%;
6. 大部分為ncRNA。