什么是小RNA測序？
Small RNA測序，研究某一物種特定組織在特定狀態下的已知SmallRNA，也可發現新的或該物種的Small RNA并預測其靶基因，為研究Small RNA的功能及此物種的基因調控機制提供了有力工具。Small RNA主要包括微RNA（miRNA）、小干擾RNA（siRNA）、與piwi相互作用的RNA（piRNA）三類。
對于沒有參考基因組的物種，進行小RNA測序要進行靶基因預測如何操作？
建議客戶做轉錄組測序，進行大規模轉錄本的發現，構建出目標物種的Unigene庫，在此基礎上進行小RNA測序，通過注釋得到已知的小RNA和預測得到新的miRNA，通過與Unigene庫中的基因進行比對，來進行靶基因的預測，最后完成靶基因的功能注釋。
5.2進行small RNA測序對于組織樣品提取總RNA有什么特殊要求？
RNA純化方法主要包括有機溶劑抽提+乙醇沉淀、硅膠膜離心柱等。由于硅膠膜離心柱只能富集200 nt以上的RNA分子，所以不適用于small RNA的分離純化。有機溶劑抽提雖然能夠較好的保留small RNA，但是后期的沉淀步驟非常繁瑣。因此，如果要進行small RNA測序，提取總RNA時建議不要使用過柱試劑盒，也不要使用LiCl沉淀法，以免丟失小片段RNA。
高通量測序研究Small RNA的優勢？
Small RNA高通量測序主要優勢有：(1) 可以直接從核苷酸水平上研究Small RNA分子，不存在傳統芯片雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題，利于區分相同家族以及序列相似的不同Small RNA分子；(2) 可以對物種進行高通量分析，無需預先的序列信息以及二級結構信息；(3) 靈敏度高，測序通量大，為Small RNA分子的發現和研究提供了數據深度與覆蓋率，能夠檢測豐度低的稀有轉錄；(4) 測序產生的原始數據可以與多種分析軟件兼容，可以注釋Small RNA的基因組信息，并分析其表達水平，能夠使用Small RNA數據庫注釋已知的Small RNA，還可以進一步分析未匹配的數據，發現新的Small RNA種類及異構體，尋找更深入的研究信息。
