Cut&Tag-seq

常見問(wèn)題

CUT&Tag技術(shù)應(yīng)用？

應(yīng)用于表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域的蛋白質(zhì)與DNA互作研究
研究轉(zhuǎn)錄因子在全基因組上的結(jié)合或分布位點(diǎn)
研究組蛋白修飾在全基因組上的分布位點(diǎn)
研究轉(zhuǎn)錄因子下游調(diào)控的靶基因
抗體應(yīng)該如何選擇？

CUT&Tag的數(shù)據(jù)產(chǎn)出主要取決于樣本量、一抗特異性和一抗的靶點(diǎn)豐度。一抗需要客戶提供商品化的ChIP級(jí)別的一抗原液，項(xiàng)目結(jié)束后可寄還剩余一抗。如需公司提供二抗，則限定鼠/兔源的一抗，如無(wú)需使用公司二抗，則需要老師提供二抗。
CUT&Tag和ChIP-seq，該如何選擇？

植物以外的物種，無(wú)論是組織樣本還是細(xì)胞樣本，推薦CUT&Tag ，相對(duì)來(lái)說(shuō)CUT&Tag具有更高的成功率和信噪比；植物樣本，推薦ChIP-seq。植物樣本提核困難，不適合CUT&Tag。
CUT&Tag和ChIP-seq有什么區(qū)別？

從建庫(kù)流程角度，CUT&Tag要求的細(xì)胞起始量遠(yuǎn)低于ChIP-seq，不需要對(duì)樣本進(jìn)行甲醛交聯(lián)，使用beads吸附活細(xì)胞的狀態(tài)下先進(jìn)行一抗孵育，后使用Tn5轉(zhuǎn)座酶切割片段并添加接頭，且無(wú)需后續(xù)的解交聯(lián)步驟。即樣本起始量、樣本狀態(tài)、抗體孵育、核酸片段化等步驟原理和ChIP-seq均不相同。從結(jié)果上看，CUT&Tag的數(shù)據(jù)信噪比更好，可重復(fù)性更好。
做CUT&Tag實(shí)驗(yàn)的時(shí)候，陰性對(duì)照和陽(yáng)性對(duì)照怎么設(shè)置，作用是什么?

與 ChIP 不同，該實(shí)驗(yàn)方案不需要 input 樣本，但需要添加陰性對(duì)照和陽(yáng)性對(duì)照。針對(duì)抗體的陽(yáng)性對(duì)照可以采用RNA Pol II/組蛋白，證明系統(tǒng)沒(méi)有問(wèn)題。陰性對(duì)照使用與一抗相同種屬的IgG，陽(yáng)性對(duì)照，陰性對(duì)照證明抗體特異，實(shí)驗(yàn)結(jié)果可信。
客戶有動(dòng)物組織，建議消化成原代細(xì)胞送樣還是將組織凍存送樣？

建議寄送凍存組織。CUT&Tag對(duì)細(xì)胞的活性要求較高，原代細(xì)胞通常活性偏低，凍存復(fù)蘇后的細(xì)胞活性很難達(dá)到送樣要求，建議將新鮮組織清理凍存，及時(shí)送樣。
CUT&Tag接收樣本的物種有什么要求?

CUT&Tag適用于哺乳動(dòng)物細(xì)胞的蛋白-DNA互作研究，酵母、植物等細(xì)胞需要經(jīng)過(guò)(破除細(xì)胞壁或者提取細(xì)胞核)來(lái)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。CUT&Tag在哺乳動(dòng)物細(xì)胞系上的應(yīng)用比較成熟，動(dòng)物組織經(jīng)過(guò)處理得到懸浮單個(gè)細(xì)胞同樣可以進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。

轉(zhuǎn)錄組

單細(xì)胞組

蛋白組

表觀基因組學(xué)

代謝組

微生物組

微生物基因組

動(dòng)植物基因組

人基因組

三代測(cè)序服務(wù)

常規(guī)分子實(shí)驗(yàn)

常規(guī)測(cè)序與合成

微生物采樣工具

婦幼健康

腫瘤早篩

新型冠狀病毒核酸檢測(cè)

NGS測(cè)序平臺(tái)

TGS測(cè)序平臺(tái)

單細(xì)胞空轉(zhuǎn)平臺(tái)

質(zhì)譜平臺(tái)

科研服務(wù)

動(dòng)植物基因組

微生物基因組

人基因組

轉(zhuǎn)錄組

蛋白組

代謝組

表觀基因組學(xué)

微生物組

常規(guī)分子實(shí)驗(yàn)

常規(guī)測(cè)序與合成

單細(xì)胞組

三代測(cè)序服務(wù)

微生物采樣工具

Cut&Tag-seq

常見問(wèn)題

CUT&Tag技術(shù)應(yīng)用？

抗體應(yīng)該如何選擇？

CUT&Tag和ChIP-seq，該如何選擇？

CUT&Tag和ChIP-seq有什么區(qū)別？

做CUT&Tag實(shí)驗(yàn)的時(shí)候，陰性對(duì)照和陽(yáng)性對(duì)照怎么設(shè)置，作用是什么?

客戶有動(dòng)物組織，建議消化成原代細(xì)胞送樣還是將組織凍存送樣？

CUT&Tag接收樣本的物種有什么要求?