人全基因組測序的優(yōu)勢是什么?
人全基因組測序可以挖掘各種遺傳變異,一些大的結(jié)構(gòu)變異,與全外顯子測序相比,不局限于編碼區(qū)變異,可以在全基因組范圍內(nèi)尋找與疾病或功能相關(guān)的位點。
人基因組測序一般推薦多少測序深度?
30X測序深度即可鑒定大部分SNP;綜合考慮SNV、編碼區(qū)外顯子、基因組基因型變異檢出率,建議選擇60X平均測序深度;如果研究目的是尋找腫瘤細胞攜帶的低豐度突變、疾病研究中低頻或者罕見變異,或者癌組織中較大的結(jié)構(gòu)變異,建議選擇更高的深度。群體重測序可根據(jù)群體分析策略尋找相關(guān)變異,低深度即可(4X-12X),因此,根據(jù)研究目的、樣本量及研究者的預期對測序深度進行選擇。