針對動物線粒體基因組測序是否需要提供純的線粒體基因組 DNA?
只需要提供全基因組總 DNA,不需要通過密度梯度離心等方法獲得純的線粒體DNA。
注意:每一種組織的線粒體 DNA 的含量不一樣,取樣時,盡量提供線粒體 DNA 含量豐富的組織或細胞,如肌肉組織。
如何從全基因組測序中獲得線粒體 DNA?
一般來說,一個真核生物中包含M個線粒體細胞器,每一個線粒體細胞中包含N條線粒體基因組 DNA,核基因組數(shù)為 2,則線粒體基因組與核基因組的比例為 M*N:2。
采用生物信息學(xué)分析,將全基因組拼接結(jié)果中高覆蓋度的序列提取出來,并與數(shù)據(jù)庫進行比對分析,從而獲得線粒體基因組 DNA。
植物的線粒體/葉綠體葉綠體基因組測序工作怎么準備樣品?
植物的線粒體/葉綠體基因組大小比較大,一般我們都建議采用Illumina+Pacbio 來進行測序,對樣品的需求就比較高,需要老師提供富集的線粒體DNA。常用的富集方法:超高速離心富集、富集線粒體/葉綠體DNA試劑盒等。