染色質免疫共沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結合位點分析法，是研究體內蛋白質與DNA 相互作用的有力工具，通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP 與二代測序技術相結合的ChIP-Seq 技術，能夠檢測全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。
ChIP-Seq 的原理是：首先通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA 片段，并對其進行純化與文庫構建；然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的序列標簽定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA 區段信息。
Ilumina HiSeq2000、 Ion Proton
1. 原始數據整理、過濾及質量評估
2. ChIP-Seq序列與參考基因組序列的比對
3. Peak Calling（統計每個樣品的Peak片段信息）
4. Peak Annotation（根據已有的基因組數據庫注釋信息獲得Peak位點信息）
5. Motif預測、基因集分析
6. 全基因組范圍的峰值分布
7. 樣品間差異Peak分析
8. 基因組水平和感興趣區域的數據可視化
1.根據實際需求可個性化定制測序及分析方案。
2.嚴謹的實驗流程和檢測結果，數據分析結果可信。
3.分析結果的圖表參考國際期刊設計，可直接用于文章寫作。
4.與轉錄組等數據進行聯合分析，挖掘生物信息資源。
