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科研服務(wù)

SSR分子標(biāo)記開發(fā)

微衛(wèi)星 (Microsatellite) 又稱小串聯(lián)重復(fù) (Short Tandem Repeats, STRs)(Simple Sequence Repeats, SSR)。在各種真核生物基因組中,分布廣且比較均勻。平均每 6 kb 長度中就有 1 個微衛(wèi)星位點 (Beckmann Weber1992)。但隨著每個重復(fù)單位堿基長度的增加,微衛(wèi)星位點的總數(shù)減少。具有突變速率快、多態(tài)性高等特點。

SSR 分子標(biāo)記開發(fā)是指對多個混合樣品的全基因組 DNA 構(gòu)建基因組文庫,利用探針,采用磁珠富集法富集得到SSR 的中間區(qū)域及兩端的保守序列區(qū)域,采用二代高通量測序平臺對文庫進(jìn)行序列測定,利用生物信息學(xué)的分析方法獲得具有多態(tài)性的 SSR 序列并設(shè)計引物。


應(yīng)用領(lǐng)域


       ◇ 遺傳圖譜構(gòu)建            ◇ 種質(zhì)鑒定            ◇ 遺傳多樣性分析            ◇ 基因定位           ◇ 數(shù)量性狀基因座(QTL)分析



產(chǎn)品參數(shù)


測序平臺及模式

Illumina MiSeq, PE250

樣本選擇及數(shù)據(jù)量

1-5 個樣,推薦1.0   Gb;

5-10 個樣,推薦1.5   Gb;

10-20 個樣,推薦2.0   Gb;

備注:不同樣本分別提取DNA后等量混合建庫

DNA樣本量

總量≥1.0 μg,濃度≥20 ng/μl

(總樣本)

項目周期

標(biāo)準(zhǔn)分析36天

交付指標(biāo)

提供不少于100對引物(經(jīng)過篩選后具有多態(tài)性的)

參考基因組

有參、無參均可


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