長鏈非編碼 RNA（Long non-coding RNA, LncRNA）是長度大于 200 個核苷酸的非編碼 RNA（不含 rRNA）。研究表明 , LncRNA 在劑量補償效應、表觀遺傳調控、細胞周期調控和細胞分化調控等眾多生命活動中發揮重要作用，成為遺傳學研究熱點。通過 LncRNA 測序，可以快速獲得與其生物學過程或者疾病相關的 LncRNA 表達變化，促進其深入研究。
LncRNA 實驗設計思路為差異比較，常見的類型為實驗組與對照組（case VS control），進行兩兩比較；若考慮時空因素，如按照不同生長發育階段或者疾病發生發展整個過程進行比較，即進行多重比較分析，然后對差異的LncRNA 進行靶基因預測和富集分析。一組樣品建議至少 6 個生物學重復。
