ChIP-Seq
染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結(jié)合位點(diǎn)分析法，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA 相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)或組蛋白特異性修飾位點(diǎn)的研究。將ChIP 與二代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq 技術(shù)，能夠檢測(cè)全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。
ChIP-Seq 的原理是：首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA 片段，并對(duì)其進(jìn)行純化與文庫構(gòu)建；然后對(duì)富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測(cè)序。研究人員通過將獲得的序列標(biāo)簽定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA 區(qū)段信息。
推薦平臺(tái)
Ilumina HiSeq2000、 Ion Proton
生物信息分析
1. 原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評(píng)估
2. ChIP-Seq序列與參考基因組序列的比對(duì)
3. Peak Calling（統(tǒng)計(jì)每個(gè)樣品的Peak片段信息）
4. Peak Annotation（根據(jù)已有的基因組數(shù)據(jù)庫注釋信息獲得Peak位點(diǎn)信息）
5. Motif預(yù)測(cè)、基因集分析
6. 全基因組范圍的峰值分布
7. 樣品間差異Peak分析
8. 基因組水平和感興趣區(qū)域的數(shù)據(jù)可視化
派森諾的優(yōu)勢(shì)
1.根據(jù)實(shí)際需求可個(gè)性化定制測(cè)序及分析方案。
2.嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膶?shí)驗(yàn)流程和檢測(cè)結(jié)果，數(shù)據(jù)分析結(jié)果可信。
3.分析結(jié)果的圖表參考國(guó)際期刊設(shè)計(jì)，可直接用于文章寫作。
4.與轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合分析，挖掘生物信息資源。
