定量蛋白質組學，是對研究對象基因組表達的蛋白質或者一個混合體系中的目標蛋白質進行定量和定性的蛋白質組學。用來探索蛋白質作用模式、功能機理、調節控制以及蛋白質群體內的相互關系，從而獲得對不同處理過程、生理狀態、及其調控網絡深入的認識，以揭示生命活動的基本規律。根據技術手段的區別，分為iTRAQ/TMT 標記定量蛋白質組， Label Free 非標記定量蛋白質組。
定量蛋白組學的實驗設計思路為差異比較，獲得不同處理或生理狀態下的蛋白質表達變化，從而探索不同處理或生理狀態之間的差異機制，同時也可為植物抗逆、育種保護，肉及乳制品品質研究，動物致病研究等諸多應用領域提供理論依據。蛋白組學實驗，一般建議樣本重復數不少于 3 個，野外樣本重復數大于 6 個，生物學重復越多越好。
