全轉錄組即特定細胞或組織在某一功能狀態下轉錄產物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全轉錄組測序可對同一個樣品同時進行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的單獨分析，還可進行多種 RNA聯合分析以及內源競爭性 RNA 整合分析，分子標記篩選等，探究其潛在的調控網絡機制，揭示轉錄調控問題。主要應用于免疫機制、疾病領域、發育進化、致病機理和藥物靶標等方面的研究。
全轉錄組是轉錄組測序的解決方案，對一份樣品建兩個文庫，獲取 4 種 RNA 的測序結果進行分別分析與聯合分析，并對 LncRNA 與 CricRNA 這類具有 microRNA 結合位點的非編碼 RNA 進行 ceRNA 分析，深度挖掘基因功能及調控機制，解析 RNA 分子間調控模式。每一組樣品建議至少 6 個生物學重復。
