分析項目 | 類別 | 分析 | 備注 |
原始數據整理、過濾及質量評估 | A | √ | |
參考基因組注釋整理與統計 | A | √ | |
與參考基因組比對 | A | √ | |
Peak Calling | A | √ | |
Peak相關基因GO注釋 | A | √ | |
Peak相關基因KEGG注釋 | A | √ | |
樣品間差異Peak分析 | A | √ | 樣品數 > 1 |
差異Peak相關基因GO富集分析 | A | √ | 樣品數 > 1 |
差異Peak相關基因KEGG通路富集分析 | A | √ | 樣品數＞1 |
Motif分析 | A | √ |
Peak Calling
Peak 的長度與蛋白質結合區域大小緊密相關，是非常重要的信息。Peak 在外顯子、內含子、5’ UTR、3’ UTR、基因間區等區域上的分布情況如下：
Peak在功能元件上的分布
Peak相關基因GO注釋
將 GO 注釋結果對應到 GOTerm 上，并統計第二級分類上注釋到目標基因的數目
GO注釋圖
差異Peak相關基因KEGG富集分析
統計各個KEGG Pathway 不同層級上包含的差異表達基因數目，進而確定差異表達基因主要參與的代謝途徑和信號通路。
KEGG富集分析
Motif分析
Motif是一些有特征的短序列，在基因組上常常反復出現，經常是一些具有序列特異性的蛋白的結合位點（如轉錄因子），或者是涉及到一些重要的生物過程（如轉錄起始，轉錄終止， RNA 剪切等等）。
motif示意圖
