Oligo DNA的人工化學合成始于50年代初期,1980年,全自動的固相DNA合成儀面市后,使得快速合成Oligo DNA成為可能,這推動了生物工程技術的蓬勃發展。隨著生物工程技術發展,人工合成Oligo DNA的需求量越來越大,已經成為分子生物學實驗中基礎的試劑之一。而合成Oligo DNA的質量,將會直接影響科研人員實驗計劃的順利進行。因此, 使用高質量的合成Oligo DNA制品變得尤為重要。
引物合成Oligo DNA制品有如下特點:
1、合成高質量的DNA制品。
2、推出脫鹽純化、PAGE純化、HPLC純化三種級別制品,客戶可根據實驗需要選擇。我們對每個制品都進行嚴格的質量管理。
3、制品包裝中附有制品相關的多種數據,包括:合成的原始數據,A、G、C、T各堿基的分布情況,分子量,OD數,nmol數等,使用方便。
引物合成現在一般都采用亞磷酰胺化學合成Oligo DNA片段,具有快速偶聯以及起始反應物比較穩定的特點。該方法是在固相載體上完成DNA鏈的合成的,合成時從3"→5"方向進行,通常3"端的第一個堿基結合在Glass擔體(Controlled Pore Glass,CPG)上。Oligo DNA合成的原理基本相同,主要差別在于合成產率的高低、試劑消耗量和單個循環用時的不同。我公司采用的合成儀主要機型為ABI3900高通量合成儀。
合成的詳細過程見圖1,現簡要說明如下:
圖1 Oligo DNA合成原理圖。N1代表第一個堿基,N2代表第二個堿基,依次類推。
第一步 | 三氯乙酸和預先連接在固相載體(CPG)上的第一個核苷酸反應(其活性基團處于被保護狀態),脫去核苷酸5‘-羥基的保護基團DMT,獲得游離的5‘-羥基; |
第二步 | 活化新的堿基單體(Phosphoramidite),準備與第一個堿基進行反應; |
第三步 | 合成DNA的原料(亞磷酰胺保護的核苷酸單體)與活化劑四氮唑混合,得到核苷亞磷酸活化中間體,它的3‘端被活化,5‘-羥基仍然被DMT保護,與溶液中游離的5‘-羥基發生縮合反應; |
第四步 | 帶帽(capping)反應,縮合反應中可能有少數5‘-羥基沒有參加反應(少于2%),用乙酸酐和1-甲基咪唑終止其后繼續發生反應,這種短片段可以在純化時分離掉; |
第五步 | 在氧化劑碘的作用下,亞磷酰形式轉變為更穩定的磷酸三酯。(即將三價磷氧化成五價磷) (重復進行Step1~Step5的循環,直至合成完所需的Oligo DNA序列) |
第六步 | 合成結束后,將Oligo DNA分子從CPG上切下,再進行進一步的純化。 |
引物合成過程中可以觀察TCA處理階段的顏色判定合成效率。連接在CPG上的引物被切下來,通過, PAGE等手段純化引物,成品引物用C18濃縮、脫鹽,測定OD260定量,根據訂單要求分裝。
(一)常規合成(≤60bp)
片段長度 | 純化方式 | 規格 | 單價(元/堿基) | 發貨周期(工作日) |
15-40bp | OPC | 2-5 OD | ¥1.20 | 2 |
10 OD | ¥1.80 | 2 | ||
30 OD | ¥4.00 | 3 | ||
50 OD | ¥8.00 | 3 | ||
15-60bp | PAGE | 2 OD | ¥1.60 | 3 |
5 OD | ¥1.80 | 3 | ||
10 OD | ¥2.20 | 3 |
(二)長鏈合成(>60bp)
片段長度 | 純化方式 | 規格 | 單價(元/堿基) | 發貨周期(工作日) |
61-80bp | PAGE | 2 OD | ¥4.00 | 3 |
5 OD | ¥6.50 | 3 | ||
10 OD | ¥8.00 | 3 | ||
81-100bp | PAGE | 1 OD | ¥8.00 | 3 |
(三)硫代修飾(SPO3)
產量(OD) | 發貨時間(工作日) | 純化方式 | 單價(¥) |
2 | 4 | PAGE | 8.00/base |
5 | 4 | PAGE | 12.00/base |
10 | 4 | PAGE | 15.00/base |
30以上 | 待詢 | PAGE | 詢價 |
(四)特殊堿基
種類 | 產量(OD) | 發貨時間 | 純化方式 | 單價(元/堿基) |
dI | 2 | 4 | PAGE | 80 |
5 | 4 | PAGE | 120 | |
dU | 2 | 4 | PAGE | 100 |
5 | 4 | PAGE | 140 | |
5甲基化dC | 2 | 4 | PAGE | 300 |
5溴dU | 2 | 4 | PAGE | 300 |
(五)修飾/標記引物
分類 | 修飾/標記 | 純化方式 | 2 OD | 5 OD | 10 OD |
磷酸基團(Phosphorylation) | 5" PO4 | HPLC | ¥200.00 | ¥300.00 | ¥400.00 |
3" PO4 | HPLC | ¥300.00 | ¥350.00 | ¥500.00 | |
NH2修飾(Amino Linkers) | 5" or 3" NH2 C3 | HPLC | ¥450.00 | 詢價 | 詢價 |
5" NH2 C6 | HPLC | ¥200.00 | ¥300.00 | ¥450.00 | |
3" NH2 C7 | HPLC | ¥200.00 | ¥300.00 | ¥450.00 | |
5" NH2 C12 | HPLC | ¥450.00 | ¥600.00 | ¥800.00 | |
5" NH2 C6 dT | HPLC | ¥500.00 | ¥700.00 | ¥1,000.00 | |
3" NH2 C6 dT | HPLC | ¥350.00 | ¥500.00 | ¥800.00 | |
SH 修飾 (Thiolation) | 3" SH C3 | HPLC | ¥350.00 | ¥480.00 | ¥600.00 |
5" SH C6 | HPLC | ¥400.00 | ¥500.00 | ¥800.00 | |
Spacers | Spacer C3 | HPLC | ¥280.00 | ¥350.00 | ¥500.00 |
Spacer C6 | HPLC | ¥280.00 | ¥350.00 | ¥500.00 | |
Spacer 9 | HPLC | ¥280.00 | ¥350.00 | ¥500.00 | |
Spacer 18 | HPLC | ¥400.00 | ¥500.00 | ¥800.00 | |
dSpacer | HPLC | ¥500.00 | ¥700.00 | ¥1,000.00 | |
生物素(Biotin) | 5" Biotin | HPLC | ¥300.00 | ¥350.00 | ¥500.00 |
3" Biotin | HPLC | ¥350.00 | ¥400.00 | ¥600.00 | |
5" Biotin TEG | HPLC | ¥700.00 | 詢價 | 詢價 | |
3" Biotin TEG | HPLC | ¥600.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" Dual Biotin | HPLC | ¥1,800.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" or Internal Biotin dT | HPLC | ¥700.00 | ¥900.00 | ¥1,500.00 | |
5" PC Biotin | HPLC | ¥1,800.00 | 詢價 | 詢價 | |
地高辛(Digoxin) | 5" or 3" Digoxin | HPLC | ¥600.00 | ¥800.00 | ¥1,200.00 |
熒光基團(Fluorophores) | 5" Cy3 | HPLC | ¥1,200.00 | ¥1,500.00 | ¥2,500.00 |
3" Cy3 | HPLC | ¥1,300.00 | ¥1,600.00 | ¥2,600.00 | |
Internal Cy3 | HPLC | ¥1,400.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" Cy5 | HPLC | ¥1,100.00 | ¥1,500.00 | ¥2,500.00 | |
3" Cy5 | HPLC | ¥1,000.00 | ¥1,800.00 | ¥2,600.00 | |
Internal Cy5 | HPLC | ¥1,400.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" FAM | HPLC | ¥280.00 | ¥320.00 | ¥450.00 | |
3" FAM | HPLC | ¥300.00 | ¥350.00 | ¥500.00 | |
5" HEX | HPLC | ¥450.00 | ¥600.00 | ¥900.00 | |
5" TET | HPLC | ¥450.00 | ¥600.00 | ¥900.00 | |
5" 6-JOE | HPLC | ¥550.00 | ¥650.00 | ¥900.00 | |
3" 6-JOE | HPLC | ¥550.00 | ¥700.00 | ¥1,000.00 | |
5" Rox | HPLC | ¥500.00 | ¥600.00 | ¥900.00 | |
3" Rox | HPLC | ¥550.00 | ¥700.00 | ¥1000.00 | |
5" TAMRA | HPLC | ¥450.00 | ¥600.00 | ¥850.00 | |
3" TAMRA | HPLC | ¥500.00 | ¥650.00 | ¥950.00 | |
5" FITC | HPLC | ¥300.00 | |||
3" FITC | HPLC | ¥350.00 | |||
Internal TAMRA | HPLC | ¥1000.00 | 詢價 | 詢價 | |
淬滅基團(Quenchers) | 3" DABCYL | HPLC | ¥750.00 | ¥900.00 | ¥1,200.00 |
3" BHQ 1 | HPLC | ¥600.00 | ¥800.00 | ¥1,100.00 | |
3" BHQ 2 | HPLC | ¥600.00 | ¥800.00 | ¥1,100.00 | |
電化學標記(Electrochemicals) | Ferrocene | HPLC | ¥550.00 | ¥700.00 | ¥1,000.00 |
其它 | 電詢 |
(六)雙標記熒光探針
分類 | 標記 | 純化方式 | 2 OD | 5 OD | 10 OD |
3" TAMRA | 5" FAM-3" TAMRA | 2次HPLC純化 | ¥1,000.00 | ¥1,200.00 | ¥1,800.00 |
5" HEX-3" TAMRA | 2次HPLC純化 | ¥1,400.00 | ¥1,600.00 | ¥2,000.00 | |
5" TET-3" TAMRA | 2次HPLC純化 | ¥1,400.00 | ¥1,600.00 | ¥2,000.00 | |
5" JOE-3" TAMRA | 2次HPLC純化 | ¥1,400.00 | 詢價 | 詢價 | |
3" DABCYL | 5" FAM-3" DABCYL | HPLC | ¥1,000.00 | ¥1,200.00 | ¥1,800.00 |
5" HEX-3" DABCYL | HPLC | ¥1,200.00 | ¥1,400.00 | ¥2,000.00 | |
5" TET-3" DABCYL | HPLC | ¥1,200.00 | ¥1,400.00 | ¥2,000.00 | |
5" JOE-3" DABCYL | HPLC | ¥1,300.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" TAMRA-3" DABCYL | HPLC | ¥1,400.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" Cy5-3" DABCYL | HPLC | ¥1,300.00 | ¥1,600.00 | ¥2,000.00 | |
3" BHQ1 | 5" FAM-3" BHQ1 | HPLC | ¥1,000.00 | ¥1,200.00 | ¥1,450.00 |
5" HEX-3" BHQ1 | HPLC | ¥1,200.00 | ¥1,400.00 | ¥1,800.00 | |
5" JOE-3" BHQ1 | HPLC | ¥1,100.00 | 詢價 | 詢價 | |
BHQ2 | 5" ROX-3" BHQ2 | HPLC | ¥1,000.00 | ¥1,300.00 | ¥1,800.00 |
ECLIPSE | 5" FAM-3" ECLIPSE | HPLC | ¥1,000.00 | ¥1,200.00 | ¥1,800.00 |
5" HEX-3" ECLIPSE | HPLC | ¥1,000.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" TET-3" ECLIPSE | HPLC | ¥1,200.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" JOE-3" ECLIPSE | HPLC | ¥1,100.00 | 詢價 | 詢價 | |
5" TAMRA-3" ECLIPSE | HPLC | ¥900.00 | ¥1,200.00 | ¥1,800.00 | |
5" Rox-3" ECLIPSE | HPLC | ¥900.00 | ¥1,200.00 | ¥1,800.00 | |
其它 | 電詢 |
(七)、簡并堿基及代碼
簡并代碼 | M | R | W | S | Y | K | V | H | D | B | N |
代表堿基 | A/C | A/G | A/T | C/G | C/T | G/T | A/C/G | A/C/T | A/G/T | C/G/T | A/C/G/T |
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