宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究
宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Metatranscriptomics)的研究對(duì)象是微生物組mRNA，在獲取微生物組總RNA并去除rRNA之后，反轉(zhuǎn)錄為cDNA，并構(gòu)建合適長(zhǎng)度的插入片段文庫(kù)，對(duì)這些文庫(kù)進(jìn)行雙端(Paired-end，PE)高通量測(cè)序，從而能精確定量整個(gè)菌群中具有活性的物種精細(xì)組成及其對(duì)應(yīng)功能的表達(dá)水平，進(jìn)而鎖定菌群中的關(guān)鍵生物標(biāo)記物、闡明其生物學(xué)意義。
宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序特點(diǎn)
1、直接對(duì)群落樣本中的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行測(cè)序，真實(shí)再現(xiàn)群落的活性功能；
2、業(yè)界公認(rèn)的總RNA 提取方法和rRNA 去除技術(shù)，穩(wěn)定；
3、使用Illumina NovaSeq高通量測(cè)序平臺(tái)，速度更快周期更短；
4、功能+物種，雙管齊下；拼接+不拼接，各取所長(zhǎng)，實(shí)現(xiàn)對(duì)物種和功能的“高分辨率”精確定量；
5、根據(jù)樣本、數(shù)據(jù)特征，自動(dòng)選擇分析流程，多種功能注釋數(shù)據(jù)庫(kù)可選，優(yōu)化宏基因組功能代謝譜注釋；
6、通過多種多變量統(tǒng)計(jì)分析和機(jī)器學(xué)習(xí)方法，系統(tǒng)、深入地挖掘宏轉(zhuǎn)錄組大數(shù)據(jù)中差異相關(guān)的關(guān)鍵物種和關(guān)鍵功能，識(shí)別關(guān)鍵生物標(biāo)記物。
實(shí)驗(yàn)流程
微生物組總RNA提取→核糖體RNA去除→mRNA片段化→反轉(zhuǎn)錄cDNA→構(gòu)建cDNA文庫(kù)并定量→上機(jī)進(jìn)行高通量測(cè)序→生信分析
