Small RNA ，長度在 18-30nt，主要包括 miRNA、 siRNA 和 piRNA。在基因表達調控、生物個體發育、代謝及疾病的發生等生理過程中起著重要的作用。Small RNA 測序采用 Illumina 測序平臺，研究某一物種特定組織在特定狀態下的已知 Small RNA，也可發現新的物種或組織特異Small RNA并預測其靶基因，為研究 Small RNA 的功能及此物種的基因調控機制提供了有力工具，已廣泛應用于動植物的研究和醫學領域。
Small RNA 實驗設計思路為差異比較，常見的類型為實驗組與對照組（case VS control），進行兩兩比較；若考慮時空因素，如按照不同生長發育階段或者疾病發生發展整個過程進行比較，即進行多重比較分析，然后對差異的miRNA 進行靶基因預測和富集分析。一組樣品建議至少 6 個生物學重復。
