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首頁>科研服務(wù)>轉(zhuǎn)錄組學(xué)與蛋白代謝組學(xué)>表觀基因組學(xué)>全基因組甲基化測序

科研服務(wù)

全基因組甲基化測序

常見問題

  • WGBS對于物種有什么要求？

    1) 是否為低甲基化率的物種；已報道的低甲基化率的物種共有6種：果蠅、面粉甲蟲、釀酒酵母、粟酒裂殖酵母、線蟲和黃曲霉。

    2) 該物種的基因組完成情況如何（影響 Bisulfite-Seq 的比對，至少至少拼接到scaffold水平，較為完整的注釋）。

    3) 基因組是否存在復(fù)雜因素：GC 含量偏高、雜合度偏高、轉(zhuǎn)座子、重復(fù)區(qū)域等。

    4) 物種為真核生物。

  • Bisulfite 處理后非甲基化 C 的 CT 轉(zhuǎn)化率是多少？

    目前我們的實驗流程很成熟，能保證 Bisulfite 處理后非甲基化 C 的 CT 轉(zhuǎn)化率在 99.5%以上，確保Bisulfite 對 DNA 的處理達(dá)到生物信息分析要求。如果樣品的DNA不存在不發(fā)生甲基化的DNA作為對照（例如：擬南芥的葉綠體的DNA都是不發(fā)生甲基化），都會在樣品中混入control DNA的方法來驗證Bisulfite的轉(zhuǎn)化率。

  • WGBS推薦數(shù)據(jù)量多少？需要生物學(xué)重復(fù)嗎？

    通常WGBS甲基化建議測序深度為30X，生物學(xué)重復(fù)為兩個。如果研究同類細(xì)胞的需要5-15X測序深度，如果需要研究區(qū)域較短的DMR需要15X以上的測序深度，如果想分析區(qū)域較長的DMR測序深度達(dá)到1-2X即可。建議如果要分析DMR至少需要兩個生物學(xué)重復(fù)。                                    




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