2020-09-01
發表期刊：Molecular Therapy: Nucleic Acids
影響因子：7.032
派森諾生物與醫華中科技大學同濟醫學院附屬同濟院合作，在Molecular Therapy: Nucleic Acids上發表了主題為非編碼RNA介導的心肌細胞核定位miR-320功能鑒定的文章。文章的mRNA、ncRNA、RIP以及ChIP的測序由派森諾生物完成。
研究背景
近年來，對microRNA亞細胞分布的系統分析表明，大多數miRNA同時存在于細胞核和細胞質中。然而，核miRNA在心肌細胞中的完整功能目前尚不清楚。亞細胞分離與miRNA圖譜研究顯示大多數miRNAs在心肌細胞的核和細胞質都可以檢測到。本研究通過ChIP-seq、RIP-seq、RNA-seq以及miRNA-seq等研究技術，嘗試揭示核定位miRNA的工作模式。
研究要點
1、以miR-320為例，研究核定位miRNA的功能。
2、CRISPR-Cas9介導的Ago2的敲除事件阻礙了miR-320誘導的轉錄重塑，并且在重新表達Ago2之后miR-320的作用被恢復。
3、LC-MS的方法揭示Ago2與Ylpm1（含有YLP基序的蛋白1）與Ssbp1（單鏈DNA結合蛋白）的關聯。
4、轉錄組與ChIP-seq（Ago2）聯合分析顯示Ago2與目標DNA啟動子結合可能需要promoter RNA。
5、ChIRP（Chromatin Isolation by RNA Purification）實驗顯示，在過表達miR-320后，Cep57和Fscn2的promoter RNA與它們的啟動子DNA結合減弱。
本研究得到一個初步結果：Promoter RNA轉錄本作為“先驅者”破壞染色質，使得Ago2/miR-320復合物靶向Cep57或Fscn2啟動子DNA進行轉錄調控。
研究技術
1、細胞培養與轉染；
2、亞細胞分離；
3、細胞核與細胞質中的miRNA標記與掃描；
4、miRNA原位雜交；
5、miRNA-蛋白靶向關系預測；
6、轉錄組測序（RNA-seq）；
7、ChIP-Seq （Ago2蛋白）；
8、CRISPR-Cas9介導的Ago2蛋白敲除；
9、RT-qPCR；
10、RIP-seq（Ago2蛋白）；
11、miRNA-320 pull down；
12、ChIRP（ChromatinIsolation by RNA Purification）實驗。
主要結果展示
細胞核與細胞質中miRNA的微陣列
細胞核中miR-320靶點的鑒定
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參考文獻：
Li H, Zhan J, Zhao Y, et al. Identification of ncRNA-Mediated Functions of Nucleus-Localized miR-320 in Cardiomyocytes. Mol Ther Nucleic Acids. 2020;19:132-143. doi:10.1016/j.omtn.2019.11.006
