2015-10-30
簡介：派森諾生物與上海交通大學趙俊龍老師攜手合作，應用轉錄組從頭測序方法，對黃瓜的mict突變體—即所有的毛狀體顯示微尺度和發育不良的形態、mict的突變體—即完全無毛狀體的表型進行了基因轉錄水平的研究，結果為進一步研究相關的分子網絡機制以及研究這個復雜和種特異的發育過程提供一個新的視角。作者趙俊龍和通訊作者潘俊松等關于黃瓜突變體轉錄組測序的研究成果《Transcriptome analysis in Cucumis sativus identi?es genes involved in multicellular trichome development》于2015年8月發表在《Genomics》上。
毛狀體是大部分陸生植物由表皮元的細胞高度專業化的結構，它們在許多方面扮演了一個重要的生物和非生物的角色，如昆蟲、草食動物和微生物防御、調節水分蒸發 、光反射(包括紫外線)、收集和傳播花粉、水分和養分的吸收、金屬離子和污染物的分泌；減少機械磨損，表面溫度調節等。研究人員以黃瓜的mict突變體和正常黃瓜為研究對象，利用Illumina HiSeq 2000平臺對黃瓜的葉片和幼果進行全基因組轉錄組分析。通過轉錄組情況，確定共有1391個基因差異表達。文章進一步用qRT-PCR驗證轉錄組數據的準確性，發現43個基因編碼關鍵轉錄因子可能參與了多細胞毛狀體的發育。這43個候選基因被分為七組：同源域，MYB，WRKY，bHLH,乙烯應答、鋅指和其他轉錄因子基因。此次研究也為進一步研究相關的分子網絡機制提供了有力依據，并為研究這個復雜和種特異的發育過程提供一個新的視角。該研究的高通量測序和信息分析由上海派森諾生物科技有限公司協助完成。
方法：正常的和mict突變的黃瓜 樣本量：2 測序平臺：Illumina HiSeq 2000平臺 分析內容：GO注釋、eggNOG注釋、KEGG注釋、差異基因分析 |
緊接著作者又以黃瓜的突變體tril——即完全無毛狀體的表型為研究對象進行了基因轉錄水平的研究，結果為研究多細胞毛狀體發育的分子網絡機制提供有用的工具。作者趙俊龍和通訊作者潘俊松等關于黃瓜突變體轉錄組測序的研究成果《Transcriptome proiling of trichome?less reveals genes associated with multicellular trichome development in Cucumis sativus》于2015年8月發表在《Mol Genet Genomics》上。
植物上的毛狀體，類似于動物和人類的身體毛發，對植物生存和發育發揮了重要的作用，它們也代表了細胞分化研究的一個有用模型。研究人員以黃瓜的tril突變體和正常黃瓜為研究對象，利用Illumina HiSeq 2000平臺對黃瓜的葉片和幼果進行全基因組轉錄組分析。通過轉錄組測序比較了tril的突變體和野生型，總共991個基因表現出差異表達：518個基因表達上調，473個基因表達下調。進一步確認62個編碼關鍵轉錄因子的差異表達基因，并被細分為七類：同源域，MADS，MYB，WRKY，乙烯應答，鋅指和其他轉錄因子基因。作者使用qRT- PCR進一步分析了兩個候選基因的組織表達譜—GLABRA2-like，發現這兩個基因分別在表皮和毛狀體中特異表達。這些結果和tril突變體為研究多細胞毛狀體發育的分子網絡提供了有用的工具。該研究的高通量測序和信息分析由上海派森諾生物科技有限公司協助完成。
方法：正常的和tril突變的黃瓜 樣本量：2 測序平臺：Illumina HiSeq 2000平臺 分析內容：GO注釋、eggNOG注釋、KEGG注釋、差異基因分析、qPCR驗證 |
本文由市場部技術支持 徐寧寧整理
原文索引：
1、Jun-Long Zhao, et al., Transcriptome analysis in Cucumis sativus identi?es genes involved in multicellular trichome development, Genomics (2015)
2、Jun-Long Zhao, et al., Transcriptome proiling of trichome?less reveals genes associated with multicellular trichome development in Cucumis sativus，Mol Genet Genomics (2015)
