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IF39.3 !RIP-seq科研利器-為擴(kuò)張型心肌病等相關(guān)研究“加油助威”!

2024-02-07

華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院同濟(jì)醫(yī)院在國(guó)際著名雜志《Signal Transduction and Targeted Therapy》發(fā)表了卡波西肉瘤相關(guān)病毒編碼的miRNA促進(jìn)擴(kuò)張型心肌病進(jìn)展的機(jī)制研究。本研究的RIP-seq測(cè)序以及部分分析工作由上海派森諾生物科技股份有限公司完成。


技術(shù)路線

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研究背景

擴(kuò)張型心肌病(DCM)是目前心衰的和心臟移植的主要病因之一。近幾十年來(lái),隨著治療策略的實(shí)施和早期診斷,DCM患者的預(yù)后得到了改善,但治療仍然具有挑戰(zhàn)性。DCM的潛在病因多種多樣,包括基因突變、病毒感染、藥物化療、自身免疫性和全身性疾病等。



研究材料與方法

1.實(shí)驗(yàn)材料

DCM患者和非DCM者血漿,KSHV-miR-K12-1-5p模型細(xì)胞等

2.測(cè)序平臺(tái)

 Illumina novaseq6000

3.分析方法

 RIP-seq,RT-PCR,WB,Elisa,F(xiàn)C,IHC,Bio-miR pulldown,TEM等



研究結(jié)果

1.KSHV相關(guān)編碼的miRNA可導(dǎo)致擴(kuò)張型心肌病患者感染KSHV風(fēng)險(xiǎn)增加

研究人員檢測(cè)了696例DCM患者血漿中的KSHV DNA含量和kshv-miR-K12-1-5p表達(dá)水平,并進(jìn)行隨訪。結(jié)果顯示,與非DCM組相比,DCM患者的KSHV血清陽(yáng)性和定量滴度增加。在隨訪期間,KSHV DNA血漿陽(yáng)性的DCM患者因心血管原因或心臟移植而死亡的可能性增加。在心臟組織中,與健康供體相比,DCM患者心臟中的KSHV DNA含量也增加。

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圖1. KSHV編碼miRNA和KSHV感染在DCM患者中升高

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圖2.KSHV -mir-k12-1-5p水平升高、KSHV患病率升高與DCM預(yù)后不良相關(guān)


2.KSHV-miR-K12-1-5p可能部分來(lái)源于KSHV感染的心肌內(nèi)皮細(xì)胞

本研究進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)KSHV主要侵襲人心臟內(nèi)皮細(xì)胞,而kshv-miR-K12-1-5p在心臟內(nèi)皮細(xì)胞和心肌細(xì)胞都可以被檢測(cè)到。通過(guò)外泌體鑒定和共培養(yǎng)實(shí)驗(yàn),研究人員發(fā)現(xiàn)KSHV感染的內(nèi)皮細(xì)胞可以釋放出kshv-miR-K12-1-5p并轉(zhuǎn)移到心肌細(xì)胞內(nèi)(圖3)。

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圖3.KSHV感染內(nèi)皮細(xì)胞后釋放kshv-miR-K12-1-5p并轉(zhuǎn)移到心肌細(xì)胞內(nèi)


3.KSHV-miR-K12-1-5p靶向I型干擾素信號(hào)通路

研究人員通過(guò)Ago2抗體進(jìn)行RIP-seq,鑒定了67個(gè)與Ago2蛋白相關(guān)的mRNAs。通過(guò)GO富集分析及RNA pulldown、WB及熒光報(bào)告基因等實(shí)驗(yàn),I型干擾素信號(hào)通路上的多個(gè)基因,包括OAS1、OAS2、OAS3、MX1、IFIT1、IFIT3、IRF7和RSAD2,被確定為kshv-miR-K12-1-5p的下游潛在靶點(diǎn),并且證實(shí)kshv-miR-K12-1-5p通過(guò)直接靶向這些基因,顯著降低其表達(dá),從而阻斷了病毒感染激活的I型干擾素信號(hào)通路的活化,也就抑制了其抗病毒作用。

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圖4 KSHV-miR-K12-1-5p靶向干擾素信號(hào)通路

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圖5 KSHV-miR-K12-1-5p可減弱IFNβ的抗病毒作用


4.KSHV-miR-K12-1-5p加重嗜心病毒誘導(dǎo)的心肌炎性浸潤(rùn)和功能障礙

此外本研究還通過(guò)體外實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)kshv-miR-K12-1-5p加重了嗜心肌病毒(CVB3和EMCV)誘導(dǎo)的心臟炎癥浸潤(rùn)和功能障礙。進(jìn)一步還發(fā)現(xiàn),KSHV陽(yáng)性DCM心肌組織中HHV6、PVB19等病毒核酸水平明顯高于KSHV陰性的DCM心肌組織,進(jìn)一步說(shuō)明其抗病毒能力減退。

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圖6.KSHV-miR-K12-1-5p加重嗜心病毒誘導(dǎo)的心肌炎性浸潤(rùn)和功能障礙



小 結(jié)

該研究揭示了KSHV通過(guò)感染人心臟內(nèi)皮細(xì)胞并釋放其編碼的kshv-miR-K12-1-5p進(jìn)入心肌細(xì)胞,阻斷心肌細(xì)胞內(nèi)的I型干擾素信號(hào)通路,從而延緩心臟組織病毒清除、加重炎癥浸潤(rùn)及心肌重塑,最終促進(jìn)DCM的發(fā)生發(fā)展。本研究表明KSHV感染是DCM的危險(xiǎn)因素,為治療DCM提供了更多的可能性。


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