本研究通過(guò)在CIM（愈傷組織誘導(dǎo)培養(yǎng)基）上誘導(dǎo)愈傷組織形成，并將愈傷組織轉(zhuǎn)移到SIM（芽誘導(dǎo)培養(yǎng)基）上實(shí)現(xiàn)芽再生，重點(diǎn)研究從CIM的第0天(CIM0)到SIM的第8天(SIM8)的階段。在7個(gè)不同的時(shí)間點(diǎn)上進(jìn)行了21次組蛋白修飾的ChIP-seq實(shí)驗(yàn)(n = 42個(gè)重復(fù))和7次ATAC-seq分析(n = 14個(gè)重復(fù))。每個(gè)ATAC-seq和ChIP-seq庫(kù)都進(jìn)行了測(cè)序，PCA圖顯示，在同一時(shí)間點(diǎn)上，兩個(gè)生物重復(fù)之間具有較高的重現(xiàn)性。為了進(jìn)一步了解染色質(zhì)可及性對(duì)轉(zhuǎn)錄組的影響，本研究進(jìn)行了RNA測(cè)序(RNA-seq) (n = 21個(gè)重復(fù)，圖1A)。
研究整合ATAC-seq和ChIP-seq數(shù)據(jù)集，使用ChromHMM來(lái)定義芽再生過(guò)程中不同的染色質(zhì)狀態(tài)，ChromHMM算法識(shí)別出15種染色質(zhì)狀態(tài)(S1-S15狀態(tài))，每一種狀態(tài)都通過(guò)一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記的差異富集來(lái)區(qū)別于其他狀態(tài)(圖1B)。轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(TSS)側(cè)翼區(qū)域由四種染色質(zhì)狀態(tài)(狀態(tài)S6-S9)標(biāo)記，其中H3K9me3、H3K27ac、H3K4me3和H3K36me3都高度富集(圖1B)。基于高水平的ATAC-seq信號(hào)和tf結(jié)合基序的富集，我們將狀態(tài)S10標(biāo)記為開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域(增強(qiáng)子)的特征(圖1B和1C)。H3K27ac標(biāo)記不與S10狀態(tài)共定位，這與之前的觀察一致，即H3K27ac不是擬南芥活性增強(qiáng)子的標(biāo)志 (圖1B)。這些結(jié)果表明h3k27me3介導(dǎo)的抑制在抑制CIM上的關(guān)鍵生長(zhǎng)因子中發(fā)揮了重要作用。本研究沒(méi)有檢索到狀態(tài)S15的任何ChIP-seq和ATAC-seq信號(hào)(圖1B)，這表明用這種狀態(tài)標(biāo)記的區(qū)域是不可達(dá)的，并且沒(méi)有規(guī)則的組蛋白修飾。
