2019-04-22
本期與大家分享幾篇公司近期發表的真菌類物種轉錄組測序相關文章，既有真菌中的“大家伙”木耳，也有真菌中的“小可愛”甘藍根腫菌和黃曲霉。這三篇文章使用單純轉錄組測序或基因組+轉錄組測序聯合分析，帶大家了解真菌類生物的一些小秘密。
文章題目：Transcriptional profling of Auricularia cornea in selenium accumulation?
合作單位：四川省農業科學院
內容簡介
黑木耳是一種廣泛種植的食用菌，具有很高的營養價值。本研究旨在利用高通量RNA-Seq技術，研究生物營養元素硒，對木耳質量的影響。GO和KEGG pathway分析顯示，在硒的補充作用下，參與代謝過程和翻譯的基因在萌芽期表達上調，包括氨基酸代謝、脂質代謝、核糖體等。此外，分化基因表達模式表明，表達上調的基因在萌芽期比成熟期更容易被檢測到。這些結果為研究木耳對硒補充的轉錄反應提供了新的思路。
研究思路
結果展示
圖1 Unigene的GO，eggNOG和KEGG數據庫注釋結果統計
圖2 差異基因雙向聚類熱圖
圖3 差異基因KEGG信號通路富集氣泡圖
Li, Xiaolin & Yan, Lijuan & Li, Qiang & Tan, Hao & Zhou, Jie & Miao, Renyun & Ye, Lei & Peng, Weihong & Zhang, Xiaoping & Tan, Wei & Zhang, Bo. (2019). Transcriptional profiling of Auricularia cornea in selenium accumulation. Scientific Reports. 9. 5641. 10.1038/s41598-019-42157-2.
文章題目：Comparative genomics reveals the unique evolutionary status of Plasmodiophora brassicae and the essential role of GPCR signaling pathways
合作單位：華中農業大學
內容簡介
十字花科植物根腫菌是一種重要的生物營養性真核植物致病菌，是根莖原生生物的一員。這種生物營養性病原體通過與其他生物營養性生物體明顯不同的細胞內機制，在十字花科植物中引起球莖病。然而，對這種生物營養型原生生物的進化狀態仍缺乏準確的描述。在此，本文測定了十字花科菌株ZJ-1的草擬基因組，應用比較基因組學方法，證明根狀莖超群是真核生物進化樹上的一個獨立分支。研究結果表明，GPCR信號轉導通路在十字花科植物的生長發育和致病性中起著重要作用。
研究思路
結果展示
表1 甘藍根腫菌ZJ-1和Pbe3基因組組裝結果比較
圖1 18種真核生物基因組比較
圖2 GPCR信號通路相關基因聚類熱圖
圖3 GPCR拮抗劑功能驗證實驗結果
Bi, Kai & Chen, Tao & He, Zhangchao & Zhxiao, Gao & Zhao, Ying & Liu, Huiquan & Fu, Yanping & Xie, Jiatao & Cheng, Jiasen & Jiang, Daohong. (2019). Comparative genomics reveals the unique evolutionary status of Plasmodiophora brassicae and the essential role of GPCR signaling pathways. Phytopathology Research. 1. 10.1186/s42483-019-0018-6.
文章題目：Transcriptomic Insights into Benzenamine Effects on the Development, Aflatoxin Biosynthesis, and Virulence of Aspergillus flavus
合作單位：天津科技大學
內容簡介
黃曲霉是一種通過土壤傳播的致病性真菌，因其在食品中含有致癌的黃曲霉毒素而對公眾健康構成嚴重威脅。本實驗研究表明苯那明對黃曲霉菌絲生長有較強的抑制作用。本研究系統研究了苯胺對黃曲霉生長發育、黃曲霉毒素合成和毒力的抑制作用及其機制。轉錄組測序結果為苯那明對黃曲霉的潛在抗真菌機制提供了有價值的信息，這些潛在靶點可能有助于開發新的防治黃曲霉毒素污染的策略。
研究思路
結果展示
圖1 差異基因火山圖
圖2 差異基因GO富集柱狀圖
圖3 差異基因KEGG富集氣泡圖
圖4 qPCR驗證
圖5 苯胺對黃曲霉作用機理的示意圖
Yang, M., Lu, L., Li, S., Zhang, J., Li, Z., Wu, S., … Wang, C. (2019). Transcriptomic Insights into Benzenamine Effects on the Development, Aflatoxin Biosynthesis, and Virulence of Aspergillus flavus. Toxins, 11(2), 70. doi:10.3390/toxins11020070
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