本期與大家分享幾篇公司近期發(fā)表的轉(zhuǎn)錄組醫(yī)學(xué)相關(guān)文章，有臨床樣本，也有模式生物，與多種研究方法相結(jié)合，共同探究疾病發(fā)生及治療的分子機(jī)制。
Circulating Long Non-coding RNA ENST00000507296 Is a Prognostic Indicator in Patients with Dilated Cardiomyopathy
合作單位：華中科技大學(xué)
微陣列分析、qPCR、lncRNA測(cè)序
長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）參與心血管疾病的發(fā)病機(jī)制，但循環(huán)的lncRNA是否充當(dāng)擴(kuò)張型心肌病（DCM）生物標(biāo)志物仍不清楚。
作者主要針對(duì)大量的心血管疾病臨床樣本（包括266名對(duì)照者和818名患者），對(duì)循環(huán)lncRNA進(jìn)行分析研究。通過(guò)微陣列的循環(huán)lncRNA分析和qPCR驗(yàn)證獲得8個(gè)候選lncRNA生物標(biāo)志物；三種人心肌細(xì)胞系的lncRNA測(cè)序及l(fā)ncRNA水平與心力衰竭的嚴(yán)重性之間的相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)，8個(gè)候選lncRNA標(biāo)志物中僅ENST00000507296和ENST00000532365的水平與心臟功能顯著相關(guān)。
最后，使用受試者操作特征曲線分析評(píng)估循環(huán)lncRNA表達(dá)在DCM診斷中的敏感性和特異性，同時(shí)在552名DCM患者中進(jìn)一步進(jìn)行Cox回歸和Kaplan-Meier曲線分析，確認(rèn)循環(huán)lncRNA ENST00000507296是DCM患者的預(yù)后生物標(biāo)志物。
Zhang, X., Nie, X., Yuan, S., Li, H., Fan, J., Li, C., … Chen, C. (2019). Circulating Long Non-coding RNA ENST00000507296 Is a Prognostic Indicator in Patients with Dilated Cardiomyopathy. Molecular Therapy - Nucleic Acids, 16, 82–90.
Alcohol Extracts From Ganoderma lucidum Delay the Progress of Alzheimer’s Disease by Regulating DNA Methylation in Rodents
合作單位：中國(guó)科學(xué)院廣東微生物研究所
全基因組甲基化測(cè)序、mRNA測(cè)序
年齡相關(guān)的甲基化變化影響神經(jīng)系統(tǒng)疾病（包括阿爾茨海默癥，AD）的發(fā)生和發(fā)展；因此，調(diào)節(jié)這些甲基化變化可能是延遲AD病理學(xué)進(jìn)展的有效策略。在該研究中，動(dòng)物實(shí)驗(yàn)用于篩選靈芝的主要活性成分，并研究其抗衰老特性，評(píng)估它們對(duì)DNA甲基化的影響。
通過(guò)使用靈芝提取產(chǎn)物處理模型大鼠，確認(rèn)靈芝的醇提取物含有主要的活性抗衰老提取物。通過(guò)對(duì)照組、模型組、靈芝處理模型組的大鼠腦組織進(jìn)行全基因組甲基化測(cè)序，評(píng)估這些靈芝提取物對(duì)DNA甲基化的影響，并發(fā)現(xiàn)靈芝的酒精提取物治療后，腦組織中包括組蛋白H3，DNMT3A和DNMT3B的一些甲基化調(diào)節(jié)劑上調(diào)。對(duì)靈芝的醇提取物進(jìn)行分子分析篩選出特定組分調(diào)節(jié)的分子，包括靈芝酸Mk，靈芝酸C6和lucidone A，其可能是靈芝的活性成分。
mRNA測(cè)序還表明，靈芝醇提取物具有改善學(xué)習(xí)記憶功能，改善神經(jīng)細(xì)胞凋亡和腦萎縮等功效，因此作者得出結(jié)論，靈芝的醇提取物，包括靈芝酸和lucidone A，是延遲AD進(jìn)展的主要提取物。
Lai, Guoxiao & Guo, Yinrui & Chen, Diling & Tang, Xiaocui & Shuai, Ou & Yong, Tianqiao & Wang, Dongdong & Xiao, Chun & Zhou, Gailian & Xie, Yizhen & B. Yang, Burton & Wu, Qingping. (2019). Alcohol Extracts From Ganoderma lucidum Delay the Progress of Alzheimer’s Disease by Regulating DNA Methylation in Rodents. Frontiers in Pharmacology. 10. 272. 10.3389/fphar.2019.00272.
Di-n-butyl phthalate epigenetically induces reproductive toxicity via the PTEN/AKT pathway
合作單位：南京醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院
細(xì)胞增殖/凋亡實(shí)驗(yàn)、western-blot、BSP、mRNA測(cè)序、基因敲除、流式細(xì)胞術(shù)
鄰苯二甲酸二丁酯（DBP）是一種普遍存在的化學(xué)物質(zhì)，與激素破壞有關(guān)，影響男性生殖系統(tǒng)。然而，DBP誘導(dǎo)的生殖細(xì)胞毒性的機(jī)制仍不清楚。作者通過(guò)細(xì)胞增殖凋亡實(shí)驗(yàn)和western-blot，證明DBP誘導(dǎo)減少生殖細(xì)胞增殖，增加細(xì)胞凋亡和依賴于PTEN / AKT途徑的DNA損傷。
甲基化分析表明，DBP降低PTEN啟動(dòng)子甲基化并增加其轉(zhuǎn)錄活性，導(dǎo)致PTEN表達(dá)增加。DNMT3b敲除實(shí)驗(yàn)和RNA測(cè)序結(jié)果表明，DNMT3b是miR-29b的靶標(biāo)，并且miR-29介導(dǎo)的PTEN甲基化狀態(tài)參與DBP治療的效果。
同時(shí)，DBP通過(guò)增加PTEN表達(dá)降低AKT途徑表達(dá)。DBP降低精子數(shù)量和活動(dòng)和進(jìn)行性精子百分比的事實(shí)與下調(diào)的AKT途徑和精子鞭毛相關(guān)基因相關(guān)。以上一系列實(shí)驗(yàn)研究表明DBP誘導(dǎo)異常的PTEN去甲基化，導(dǎo)致AKT途徑的抑制，增加生殖毒性。
Li, R., Xing, Q., Wu, X., Zhang, L., Tang, M., Tang, J., … Qin, Z. (2019). Di-n-butyl phthalate epigenetically induces reproductive toxicity via the PTEN/AKT pathway. Cell Death & Disease, 10(4).
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