2018-11-28
這是一篇關于大瀧六線魚無參考基因組的轉錄組項目文章，影響因子為3.185。本文對正常和病菌感染的大瀧六線魚脾臟進行RNA測序并對測序結果進行qRT-PCR驗證，文章內容簡單，結果轉化率卻很高，可為其他客戶提供一個很好的借鑒和參考。
測序材料：對照組（TG）和病菌感染組（CG），每組3個重復，每個重復由5條魚混樣
測序平臺：Illumina NextSeq500
1.unigene拼接和注釋
對原始數據進行無參拼接，共獲得了18973個unigene，并統計在Nr、Swissport、eggNOG、GO、KO數據庫的注釋結果（表1），其中4.41%的unigene在5個數據庫中都有注釋。
表1 各數據庫注釋結果
2.unigene表達差異分析
差異分析共篩選出5425個顯著差異的unigene，與對照組相比，感染組有1837個上調，有3588個下調（圖1）。
圖1 差異基因火山圖
3.GO富集分析
對差異基因進行GO富集分析，以p值≤0.05為標準，DEG被分為分子功能（MF）、細胞組成（CC）和生物過程（BP）三個主要功能類別，包含307個GO術語。圖2顯示了富集的前10個GO術語。
圖2 GO富集分析
4.KEGG富集分析
KEGG結果表明，有714個差異unigene被富集到了207個通路上，其中有42個通路是顯著富集的。圖3列出了前20個顯著富集的通路。其中，參與補體和凝血級聯，核糖體，氧化磷酸化和過氧化物酶體增殖物激活受體（PPAR）信號通路的基因差異數量最多。
圖3 差異基因KEGG富集分析
5.qRT-PCR驗證
挑選顯著差異表達的12個unigene（6個上調，6個下調），通過qRT-PCR驗證其表達水平。qRT-PCR驗證的結果與測序結果是一致的（圖4），說明了RNA-Seq結果的可靠性。
圖4 qRT-PCR表達水平驗證
參考文獻：Matsubara N, Munehara H, Takahashi R, et al. Acoustic property of sound production by fat greenling (Hexagrammos otakii) in spawning season[J]. Acoustical Society of America Journal, 2016, 140(4):3065-3065.
文章鏈接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1050464818307009?via%3Dihub
