2017-12-15
繼最近與南京農(nóng)業(yè)大學(xué)合作，在《The ISME Journal》（影響因子：9.664）上發(fā)表土壤原生生物群落的新研究成果之后 ，派森諾生物再接再厲，與江蘇大學(xué)合作，在開放獲取期刊《Microbiome》（影響因子：8.496）發(fā)表論文，通過宏病毒組測序研究，揭示了大熊貓攜帶的新型病毒種群及其對疾病感染防治的重要意義。
研究背景
大熊貓是我國“國寶”，也是食草動物中特別的一員。作為瀕危動物，大熊貓?jiān)谝巴獾纳鏍顟B(tài)受到低繁殖率等諸多因素的影響。其中，病毒感染就是危及大熊貓健康的潛在因素之一，但我們對共生于大熊貓的“病毒世界”仍知之甚少。
研究目的
通過對一頭死于未知疾病的野生大熊貓進(jìn)行病毒宏基因組測序分析，試圖揭示大熊貓所攜帶的病毒種群，及其與健康大熊貓之間的異同。
研究方法
測序技術(shù)：Illumina MiSeq高通量測序平臺
病毒富集方法：0.45 mm濾膜過濾+QiaAmp Mini Viral RNA kit（Qiagen）提取
實(shí)驗(yàn)對象：死亡和健康的野生大熊貓各1頭，以及46頭健康圈養(yǎng)大熊貓
樣品種類：糞便、鼻咽分泌物、血液、組織樣品等
研究結(jié)果
通過宏病毒組測序，本研究發(fā)現(xiàn)，大熊貓攜帶的病毒種群包括Picornaviridae、Genomoviridae、Circoviridae、Anelloviridae和Picobirnaviridae等，以及大量來源于昆蟲和植物的病毒（在糞便樣品中尤其多）。在死亡野生大熊貓的鼻咽分泌物和肺部組織中，也發(fā)現(xiàn)了少量的昆蟲病毒。總體而言，死亡大熊貓和健康大熊貓所攜帶的病毒種群并無明顯差異，但死亡大熊貓樣品中檢出的Papillomavirus、Picornavirus和Anellovirus病毒含量更高。
大熊貓不同類型的樣品中的病毒物種組成分布
死亡和健康大熊貓的糞便、血液和鼻咽分泌物中檢測到的病毒物種組成分布
大熊貓樣品中新發(fā)現(xiàn)的Papillomavirus病毒的基因組特性及其系統(tǒng)發(fā)育分析
大熊貓樣品中新發(fā)現(xiàn)的Picornavirus病毒的基因組特性及其系統(tǒng)發(fā)育分析
大熊貓樣品中新發(fā)現(xiàn)的Picornavirale病毒的基因組特性及其系統(tǒng)發(fā)育分析
大熊貓血液樣品中新發(fā)現(xiàn)的Anellovirus病毒的基因組特性及其系統(tǒng)發(fā)育分析
大熊貓樣品中新發(fā)現(xiàn)的Gemycircularvirus和Circovirus病毒的基因組特性及其系統(tǒng)發(fā)育分析
大熊貓樣品中新發(fā)現(xiàn)的類Partitivirus病毒的系統(tǒng)發(fā)育分析
總結(jié)
本研究提供了關(guān)于大熊貓所攜帶病毒的信息，并且為病毒感染爆發(fā)時(shí)的致病物種的檢測提供了參考依據(jù)。同時(shí)，本研究也發(fā)現(xiàn)因病死亡的大熊貓和健康大熊貓具有相似的病毒組成，表明這些病毒可能是動物普遍攜帶的“感染源”，為疾病感染的預(yù)防治療提供了新視角。
本研究的測序工作由上海派森諾生物科技股份有限公司完成。
文章索引：
Zhang, W., S. Yang, T. Shan, R. Hou, Z. Liu, W. Li, L. Guo, Y. Wang, P. Chen, X. Wang, F. Feng, H. Wang, C. Chen, Q. Shen, C. Zhou, X. Hua, L. Cui, X. Deng, Z. Zhang, D. Qi and E. Delwart (2017). "Virome comparisons in wild-diseased and healthy captive giant pandas." Microbiome 5(1): 90.
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