2016-02-15
簡介
中華絨螯蟹（Eriocheir sinensis ）是一種經濟蟹類，又稱河蟹、毛蟹、清水蟹、大閘蟹。中華絨螯蟹在幼蟹時期，存在一個明顯的形態學變化的過程，即從第五幼體（Z5）發育為大眼幼體（M），該過程有較高的死亡率。中華絨螯蟹轉錄組測序是怎樣的呢？中國科學院海洋研究所劉媛教授和她的團隊用這兩個時期的中華絨鰲蟹幼體為實驗樣品，通過轉錄組測序探究這個過程中基因表達差異變化。
測序分析結果共發現652個差異表達基因（DEGs），這些差異基因富集的代謝通路主要分布在外源性物質生物降解和代謝（8.16%）、輔酶因子和維生素代謝（6.7%）、酯類代謝（6.36%）和氨基酸代謝（6.28%）。其中，有19個差異基因與幼蟹的形態特征和感觀變化有關；62個差異基因與碳水化合物、酯類和蛋白質消化和代謝有關。在這些差異基因中，與物質代謝有關的基因表達在Z5樣品中是上調的，推測從第五幼體到大眼幼體時期需要釋放大量的能量，實時定量PCR進一步驗證了這個結果。
該研究成果Comparative transcriptomic analysis provides insights into the molecular basis of the metamorphosis and nutrition metabolism change from zoeae to megalopae in Eriocheir sinensis于近日發表在Comparative Biochemistry and Physiology, Part D（影響因子2.055）雜志上。
中華絨鰲蟹的轉錄組測序及信息分析工作，由上海派森諾生物科技股份有限公司完成，這也是派森諾生物繼兩篇中華絨鰲蟹轉錄組測序后的第三篇中華絨鰲蟹轉錄組測序文章。
方法
取不同生長階段的中華絨鰲蟹幼體Z5和M進行轉錄組測序
樣本量
2個樣本
測序平臺
Illumina HiSeq 2000平臺
分析內容
1. 基因表達差異分析
2. 聚類分析
3. eggNOG注釋
4. KEGG注釋
5. qPCR驗證
結果展示
圖1 中華絨螯蟹轉錄組測序eggNOG基因功能注釋
圖2 KEGG基因功能注釋
圖3 GO中華絨螯蟹轉錄組測序基因功能注釋析
圖4 中華絨螯蟹轉錄組測序基因表達差異分析
圖5 qPCR驗證
參考文獻
Li Y, Min H, Cui Z, et al. Comparative transcriptomic analysis provides insights into the molecular basis of the metamorphosis and nutrition metabolism change from zoeae to megalopae in Eriocheir sinensis [J]. Comparative Biochemistry & Physiology Part D Genomics & Proteomics, 2015, 13(13C):1-9. doi:10.1016/j.cbd.2014.10.002
本文由RNA-Seq技術支持馬培培整理
