2023-03-01
曼哈頓圖，圖形外觀形似摩天大樓，其本質就是一張散點圖，用于展示大量非零的波動數據并突出具有強相關性的位點。通常用于全基因組關聯研究（GWAS），以顯示重要的SNP。
一、 圖表解讀 圖表類型可切換為普通曼哈頓圖、環形曼哈頓圖和SNP密度圖。以全基因組關聯分析（GWAS）為例： 1.1 普通曼哈頓圖圖解 散點圖：展示SNP與表型關聯的顯著程度。 閾值線：一般表示顯著性水平閾值，通常認為在閾值線上方的點為顯著點。 橫坐標：展示SNP所在染色體。 縱坐標：展示SNP與表型關聯的顯著性P值。 熱圖：展示一定窗口內SNP個數。 以下圖為例子：顏色越接近藍色，表示在該窗口內SNP越多，反之越少。 1.2 環形曼哈頓圖圖解 圖表含義與普通曼哈頓圖一致，圖形按環形展示。（普通曼哈頓圖和環形曼哈頓圖，都可以設置是否顯示染色體密度圖） 1.3 SNP密度圖圖解 橫坐標：為每條染色體上的堿基位置。 縱坐標：為染色體編號，顏色的變化代表在一定窗口內SNP的個數。 以下圖為例子：顏色越接近綠色表示在該窗口內SNP越多，反之越少。
二、 參數調整 2.1 閾值線 可自定義輸入某一閾值（建議不超過Y軸最大值），添加為閾值線，閾值線最多可添加5條。 2.2 顯著點 可選擇在閾值線上方的散點是否要突出顯示。當顯著點需要突出顯示時，可調整顯著點形狀、大小與顏色。 2.3 高亮點 提供3種添加高亮散點的方式。 手動添加適合單個高亮點、選擇粘貼和上傳文件適合多個高亮點的添加。下圖為手動添加高亮點為例：
