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ceRNA——當假說不再是假說!

2017-07-05

ceRNA(competing endogenous RNAs,競爭性內源RNA)假說揭示了RNA間相互作用的新機制。已知microRNA可以通過結合mRNA導致基因沉默,而ceRNA可以通過競爭性地結合microRNA來調節基因表達。ceRNA可以通過應答元件(microRNA response elements,MREs)與microRNA結合從而影響microRNA導致的基因沉默,這揭示了一條RNA-microRNA調節通路的存在,具有重大生物意義。

ceRNA代表一種全新的基因表達調控模式,比起miRNA調控網絡,ceRNA調控網絡更為精細和復雜,涉及更多RNA分子,包括mRNA、假基因lncRNA和miRNA等。

1. miRNA作用靶基因原理

1) mRNA轉錄后出細胞核,在細胞質中與miRNA-RISC(RNA-induced silencing complex, RNA誘導沉默復合體)結合,加速mRNA的降解、翻譯受阻、表達降低;

2) 假基因活化,競爭結合miRNA-RISC,最終使得親本基因的表達上調。

 

2. 不同種類的RNA競爭性結合miRNA

細胞內不同種類RNA對應的RISC豐度不同,使得這些RNA結合miRNA的能力不同。

1) 假基因作為ceRNA

假基因來源于基因拷貝,通常表現為親本基因的高序列同源性。假基因具有miRNA的靶位點,可能會與miRNA競爭性結合。

2) circRNA作為ceRNA

在某些情況下,目標circRNA以AGO2依賴性的方式剪接,因而限制了它作為miRNA海綿體的潛力。

3) mRNA作為ceRNA

總體而言,mRNA所含的miRNA結合位點的保守性最高,特別是在3"UTR,所以成為主要的miRNA靶基因。

 

3. 細胞內miRNA及其預測的靶位點相對豐度

1) miRNA表達量較低時,ceRNA結合miRNA會增加;

2) 高含量的miRNA大多不會影響ceRNA的競爭結合力;

3) 豐度變化大的靶基因不會影響高表達的miRNA的活性。

 

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參考文獻

Thomson D W, Dinger M E. Endogenous microRNA sponges: evidence and controversy[J]. Nature Reviews Genetics, 2016, 17(5):272.

相關文獻

[1] Fan C, Hao Z, Yan J, et al. Genome-wide identification and functional analysis of lincRNAs acting as miRNA targets or decoys in maize[J]. Bmc Genomics, 2015, 16(1):793.

[2] Parikshak N N, Swarup V, Belgard T G, et al. Genome-wide changes in lncRNA, splicing, and regional gene expression patterns in autism[J]. Nature, 2016, 540(7633):423.

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