2021-07-23
2019年末，COVID-19的大爆發，不僅讓全世界的人民了解到了核酸檢測，更看到了宏基因組測序技術（metagenomics next-generation sequencing, mNGS）在新發或者少見病原微生物的檢測與鑒定方面的潛力。今天，小編就和大家一起走進mNGS，了解mNGS是憑借哪些優勢走上資本的風口。
特點一：高效、快速
復旦大學附屬華山醫院感染科主任張文宏曾在“感染分子診斷高峰論壇2020”上做了這樣一個對比，2003年的SARS的鑒定耗時5個多月，2013年的H7N9的鑒定耗時1個多月，而此次借助宏基因組測序，僅在數天內，快速鑒定并分析出新冠病毒的基因組，在2020年1月11日中國團隊率先公布了新冠病毒基因組序列。從“5個月+”到“數天”的鑒定時間的縮短，是這場戰役中的中國速度，更是mNGS高效、快速的映射。
特點二：避免試錯，數萬種病原體一網打盡
分離培養與生化鑒定是臨床公認的病原體檢測的標準診斷方法。傳統的病原微生物的檢測方法雖然多，并且可以組合應用，對于常見高發感染也非常有效，但他們都屬于試錯型，高度依賴于臨床醫生的判斷選擇。但是mNGS的出現，為病原體的檢測開辟了一個新的方向。 mNGS通過直接檢測臨床標本中病原核酸，幫助明確標本中微生物的種類和相對數量，無需對病原菌進行培養即能夠幫助確定引起感染的病原，實現了一次檢測，一網打盡的目的，已成為輔助臨床確定重癥感染性疾病重要的檢測手段。
特點三：深度挖掘預測耐藥性
一提到超級細菌（superbug），我想每個人都心頭一顫。由于對抗生素的濫用，處于平衡狀態的抗菌藥物和細菌耐藥之間的矛盾被破壞，具有耐藥能力的細菌也通過不斷地基因突變和進化，獲得更強的耐藥能力，因此也出現和傳播了更多的抗生素抗性基因（Antibiotic resisitance genes, ARGs），隨之也出現了更多重耐藥菌，甚至是廣泛耐藥菌，比如多重耐藥性結核桿菌（MDR-TB）。
常用的ARGs檢測方法主要包括傳統微生物培養法和分子生物學方法。傳統微生物培養法主要是評估微生物對抗生素的敏感或耐藥程度（藥敏實驗）。分子生物學方法主要是PCR，qPCR，DNA微陣列和宏基因組測序。2021年2月發表在“中華檢驗醫學雜志”的《宏基因組高通量測序技術應用于感染性疾病病原檢測中國專家共識》中建議：
（1）對于生長緩慢或藥敏試驗復雜耗時，并且耐藥基因型和表型有良好相關性的病原菌，可對純菌落進行全基因組測序，推測耐藥情況。
（2）可采用讀長較長的三代測序（nanopore測序），耐藥基因與微生物之間匹配，也可間接推測其耐藥情況。
更多新聞咨詢請關注派森諾官網
