2017-07-26
簡介：
大黃魚（Larimichthys crocea）是中國南部最主要的海洋經濟魚類之一。 基于現在商業化養殖中高密度放養的現狀，為了解析大黃魚在擁擠脅迫下的生理變化以及免疫應答研究，以求實現利益雙贏，中國水產科學研究院東海水產研究所唐保軍副研究員及其團隊選取最大密度梯度（34.2 kg/m3）養殖的大黃魚在五個時間點0 h，6 h，24 h， 48 h， 96 h取樣進行無參考基因組轉錄組測序。測序數據過濾后共捕獲到129,000,000 條clean reads，最終拼接得到 40,123 條unigenes。
GO分析結果顯示，外界脅迫引起的差異表達基因主要富集在分子功能，生物學過程，胞內反應，離子束縛和細胞過程代謝通路中。KEGG聚類分析結果表明，在免疫相關的16個代謝通路中，補體和凝血級聯通路中AAP、AAT、CIR、C3、C7、C8B、C8G、CD59、CFB、F5、F9、F11、FGG、HCF2、HF1共15個基因以及C4、C5、F2、F7共4個基因分別在24h和48h表達量上調，其次在趨化因子信號通路、Toll樣受體傳導通路、白細胞跨內皮遷移通路中也均有基因差異表達。qPCR驗證結果與上述結論一致。對大黃魚的轉錄組分析結果顯示，擁擠脅迫能顯著影響魚類的免疫應答反應，同時需要注意的是，長期的外界脅迫也會對魚類的防御系統造成一定程度的損傷。
該研究成果Transcriptome analysis and discovery of genes involved in immune pathways in large yellow croaker (Larimichthys crocea) under high stocking density stress于2017年7月13日發表在Fish and Shellfish Immunology雜志上。大黃魚的轉錄組測序及信息分析工作，由上海派森諾生物科技股份有限公司完成。
方法：對大黃魚進行密度脅迫處理，取0，6 ，24 ， 48 ， 96 h肝臟組織進行轉錄組測序
樣本量：5組樣本
測序平臺：Illumina HiSeq平臺
分析內容：
1. 基因表達差異分析
2. GO注釋
3. eggNOG注釋
4. KEGG注釋
5. qPCR驗證
結果：測序數據過濾后共捕獲到 129,000,000 條clean reads，最終拼接得到 40,123 條unigenes。 在免疫相關的16個代謝通路中，補體和凝血級聯通路中AAP、AAT、CIR、C3、C7、C8B、C8G、CD59、CFB、F5、F9、F11、FGG、HCF2、HF1共15個基因以及C4、C5、F2、F7共4個基因分別在24h和48h表達量上調，其次在趨化因子信號通路、Toll樣受體傳導通路、白細胞跨內皮遷移通路中也均有基因差異表達。qPCR驗證結果與上述結論一致。對大黃魚的轉錄組分析結果顯示，擁擠脅迫能顯著影響魚類的免疫應答反應，同時需要注意的是，長期的外界脅迫也會對魚類的防御系統造成一定程度的損傷。
結果展示：
圖1 大黃魚轉錄組unigenes長度分布圖
圖2 eggNOG基因功能注釋
圖3 GO基因功能注釋
圖4 補體和凝血級聯通路差異基因的KEGG富集分析
圖5 qPCR結果驗證圖
參考文獻：
Sun P, Bao P, Tang B, Transcriptome analysis and discovery of genes involved in immune pathways in large yellow croaker (Larimichthys crocea) under high stocking density stress, Fish and Shellfish Immunology (2017), doi: 10.1016/j.fsi.2017.07.013.
