2021-06-24
10x免疫組是什么？
10x 單細胞測序在生命領(lǐng)域里面的應(yīng)用價值已經(jīng)不言而喻，在研究細胞發(fā)育、腫瘤異質(zhì)性、細胞間互作通訊網(wǎng)絡(luò)都有著許多成熟的方案。
但是，對于免疫的研究10X單細胞往往會有一點心有余而力不足，僅僅是研究細胞的表達量還是難以詳細的刻畫出組織內(nèi)的免疫微環(huán)境。所以，10xgenomics在2019年推出了Chromium?單細胞V(D)J 解決方案，利用比較獨特的建庫方式可以對樣本進行轉(zhuǎn)錄組測序的同時，也可以對樣本內(nèi)的T細胞與B細胞進行V(D)J區(qū)域測序。就相當(dāng)于，同時獲得了該細胞的表達信息與細胞的細胞V(D)J信息。通過V(D)J我們可以拼接出完整的CDR3系列，獲得配對的VJ基因組成信息。
那么，基于免疫組庫的信息我們可以做些什么呢？ 基于對這些信息的進一步分析，我們可以： （1）獲得高擴增的克隆型序列以及了解不同克隆在不同樣本間的流動與共享狀況； （2）輔助單細胞轉(zhuǎn)錄組的結(jié)果，更加可靠判斷免疫細胞的分化軌跡； （3）對不同樣本、細胞亞群的TCR/BCR的重排特征有更深入的解析； （4）對于不同的CDR3序列進行注釋，尋找有效的CDR3序列。 單細胞免疫組產(chǎn)品介紹 但是拿到這些數(shù)據(jù)后，如何進行有效的數(shù)據(jù)過濾、挖掘、可視化相信很多科研人員都一籌莫展。但是！今天 ！派森諾生物將為您介紹我們新版的免疫組報告包含的分析內(nèi)容，并且重要的是，報告還在持續(xù)不斷的添加新的內(nèi)容，只要您有改進的需求，我們將不斷的更新優(yōu)化中。 基礎(chǔ)的比對信息、克隆型統(tǒng)計信息，序列信息通通包含，一眼就可以看到數(shù)據(jù)的詳細信息。 左右滑動查看更多 稀釋曲線 稀釋曲線可以直觀的了解測序的飽和程度，可以對樣本中所包含的免疫細胞量有一個預(yù)估。 評估樣品多樣性的方法之一是參考其克隆性。我們提供了幾種評估克隆性的方法。包括克隆數(shù)、最高擴增的克隆型占比、最小擴增的克隆型占比等。 不同樣本的克隆頻數(shù)統(tǒng)計 不同擴增水平的克隆型占比統(tǒng)計 淋巴細胞發(fā)育中免疫球蛋白可變區(qū)基因片段經(jīng)重組而形成完整可變區(qū)序列的過程。重鏈可變區(qū)基因由V、D、J各1個基因片段組成，輕鏈可變區(qū)基因由V、J各1個基因片段組成，VDJ基因均有多個拷貝，各片段通過隨機組合(即重排)而形成多樣性的抗體可變區(qū)。我們可以根據(jù)不同基因的使用頻數(shù)以及基因配對關(guān)系推導(dǎo)其中的規(guī)律。 VJ基因使用統(tǒng)計 VJ基因配對熱圖 我們會使用多種指標(biāo)來對每個樣本的整體的克隆水平進行量化。 Diversity:多樣性評估 CDR3是由V和J或者D和J連接的一段區(qū)域構(gòu)成，具有高可變性。CDR3是決定T細胞克隆類型的區(qū)域，且直接識別抗原呈遞細胞呈遞的抗原氨基酸片段。自然狀態(tài)下，CDR3的長度分布呈正態(tài)分布。 CDR3特征 通過將CDR3序列按照一定的長度（本報告中選取K=3）進行打斷，我們可以獲得CDR3的kmer統(tǒng)計結(jié)果，當(dāng)前對于CDR3的kmer研究并不豐富，之前有報道可以根據(jù)kmer的降維結(jié)果對不同的腫瘤時期進行分型。 CDR3 Kmer分析 由于細胞之間的趨化等作用，免疫細胞可能會被招募產(chǎn)生作用，所以不同的取樣部位可能共享某些相同克隆型的細胞，這也暗示著細胞之間的互作網(wǎng)絡(luò)。我們通過?；鶊D來直觀的展示這一結(jié)果。 迄今為止，已經(jīng)有許多與CDR3序列結(jié)合的抗原肽段被明確，我們使用VDJDB作為背景對樣本的CDR3區(qū)段進行注釋，以幫助研究人員明晰在樣本間具有差異的CDR3序列是否可以進一步判定為候選CDR3序列。 CDR3序列注釋 我們的報告對VJ 基因、CDR3序列特征、樣本多樣性、序列分析等做了深度的挖掘，當(dāng)然上圖只是我們報告中的一部分而已，如果您對我們的10x免疫組報告有興趣，可以聯(lián)系我們，我們將給您提供完整版的10x免疫組DEMO報告。 當(dāng)然，看完了10x免疫組報告，是不是對免疫組庫和單細胞表達譜的聯(lián)合分析更加好奇了呢？ 我們將在后續(xù)的推文中，繼續(xù)給您介紹免疫組的聯(lián)合分析。
