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跟著nature 學(xué)作圖：相關(guān)系數(shù)圖從0→N

2021-06-02

今天要模仿和突破的是我們常用的“相關(guān)系數(shù)圖”，來(lái)自于nature子刊scientific data，文章如下圖所示：

擬復(fù)現(xiàn)圖片樣式：Fig6

代碼實(shí)現(xiàn)

為了方便測(cè)試，大家可以進(jìn)入基因云（https://www.genescloud.cn）的“相關(guān)系數(shù)圖”下載示例數(shù)據(jù)。上面文章對(duì)應(yīng)相關(guān)系數(shù)圖核心代碼如下。

# 導(dǎo)入數(shù)據(jù)

dat <- read.delim("data.txt",stringsAsFactor=FALSE,row.names=1)

# 計(jì)算相關(guān)系數(shù)

cor.dat <- cor(dat)

# 作圖

corrplot::corrplot(cor.dat,

method = "number",

order="hclust",

rect.lwd = 1,

addrect=3,

number.cex = 0.8,

tl.cex = 1,

cl.cex = 0.9,

tl.col="black")

數(shù)值相關(guān)系數(shù)圖模仿成功，接下來(lái)我們考慮下如何進(jìn)行再創(chuàng)造，升級(jí)突破下：

創(chuàng)造一：如何實(shí)現(xiàn)方形、圓形、扇形等形狀的相關(guān)系數(shù)圖？

創(chuàng)造二：如何實(shí)現(xiàn)多種圖形及數(shù)字組合的相關(guān)系數(shù)圖？

創(chuàng)造三：如何在相關(guān)系數(shù)圖中添加顯著性標(biāo)識(shí)？

......

如果要寫(xiě)代碼的話，沒(méi)有個(gè)上百行解決不了問(wèn)題，有沒(méi)有工具能夠快速實(shí)現(xiàn)以上所有功能呢？正所謂君子善假與物也，下面給大家分享一款"派森諾基因云"的在線繪圖小工具“相關(guān)系數(shù)圖”，助您輕松get百種樣式的相關(guān)系數(shù)圖。

平臺(tái)實(shí)現(xiàn)

1.提交繪圖

登入基因云平臺(tái)（https://www.genescloud.cn）, 進(jìn)入“相關(guān)系數(shù)圖”頁(yè)面，上傳或者選擇數(shù)據(jù)文件后，一鍵提交繪圖即可。

2.參數(shù)調(diào)整

（1）圖表類型

基因云平臺(tái)小工具提供了完整圖、正/倒三角圖等多種圖形樣式，供您自由切換選擇。

（2）圖案樣式：

相關(guān)性系數(shù)圖提供了方形、橢圓、餅圖等多種形狀的選擇，同時(shí)還支持不同圖案的組合圖，比如橢圓+餅圖，方形+數(shù)字等等，總有一種樣式讓您稱心如意。

（3）系數(shù)值顯示

系數(shù)值可以根據(jù)聚類算法、變量名稱等多種形式進(jìn)行排序呈現(xiàn)，還可以控制系數(shù)值的小數(shù)位數(shù)，以及值的顯示與隱藏。

（4）顯著性標(biāo)識(shí)

當(dāng)然，大家關(guān)心的顯著性標(biāo)識(shí)，形式也很豐富，可以顯示圖案、p-value數(shù)值、空白，標(biāo)識(shí)圖案的形狀、顏色、大小等都可以隨意調(diào)整。

趕緊來(lái)試一試吧，登入“派森諾基因云（https://www.genescloud.cn/）”，進(jìn)入【云圖匯】點(diǎn)擊左側(cè)導(dǎo)航欄“相關(guān)系數(shù)圖”，或者直接搜索“相關(guān)系數(shù)”，嘗試體驗(yàn)。若有任何問(wèn)題，您可以直接點(diǎn)擊平臺(tái)頁(yè)面右側(cè)“信息反饋”圖標(biāo)快速提交寶貴建議！或者發(fā)送建議至 [email protected]。"派森諾基因云"一直持續(xù)上心上新，接下來(lái)會(huì)有更多好圖好工具陸續(xù)和大家見(jiàn)面，歡迎大家關(guān)注并進(jìn)行體驗(yàn)。

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