2021-05-25
IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的可視化工具，安裝簡單，操作便捷，支持?jǐn)?shù)據(jù)多元且非常實用！只需導(dǎo)入?yún)⒖蓟蚪M文件以及bam文件（IGV支持多種文件類型，這里我們主要以轉(zhuǎn)錄組結(jié)果提供給老師的bam文件為例），即可對轉(zhuǎn)錄組的比對結(jié)果進(jìn)行可視化瀏覽！
什么？你還不會操作？別怕，小派已經(jīng)準(zhǔn)備好了IGV保姆級操作指南，帶你輕松玩轉(zhuǎn)IGV！
No.1 IGV文件準(zhǔn)備
除了備好IGV軟件（注意要在安裝java的前提下），還要對應(yīng)的參考基因組文件，也就是本地的基因組fa文件，注釋文件gtf。這里每個文件都需要有對應(yīng)的index，fa文件需要有對應(yīng)的index文件fai，bam則需要對應(yīng)的bai文件：
缺少index文件也可使用IGV來生成，點擊Tools→Run igvtools：
Command選擇Index，Input File選擇需要生成index的文件，點擊Run，即可生成需要的index啦！
No.2 IGV數(shù)據(jù)可視化
點擊Genomes→Load Genomes From Files導(dǎo)入基因組文件：
點擊File→Load from File， 導(dǎo)入gtf和bam文件，即可進(jìn)入如下界面：
可以在“1”的位置輸入需要查看的基因所在的染色體及位置（在轉(zhuǎn)錄組結(jié)果中的Annotation表均有提供對應(yīng)信息）即可快速查看到該基因的具體情況，包括基因結(jié)構(gòu)、轉(zhuǎn)錄組每個樣本中該基因的reads覆蓋情況。可以通過“2”的位置可以放大或縮小視野范圍，放大到一定程度可以查看到序列信息，同時也可以查看發(fā)生的插入或突變的具體情況。每個堿基擁有特定的顏色，可以看出下圖中突變的位置在參考基因組上該位點堿基為A，所測到的該條read在該位置堿基突變?yōu)镃：
No.3 IGV常見設(shè)置
在IGV中，在不同位置單擊鼠標(biāo)右鍵會出現(xiàn)不同的菜單欄，可以進(jìn)行多種操作，這里我們只列舉一些常見設(shè)置：
細(xì)心的同學(xué)已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了，大名鼎鼎的sashimi也出現(xiàn)在了菜單欄中。沒錯！只要單擊sashimi plot，選擇需要進(jìn)行分析的樣本，就可以一鍵獲得文章中常用于展示可變剪切的刺身圖啦：
看過這篇使用指南，是不是發(fā)現(xiàn)IGV操作也不過如此！其實小派這里只是展示了轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可視化的一些常規(guī)操作，IGV還擁有非常豐富的功能和用途。
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