2021-03-17
韋恩圖，又稱為venn圖，是我們在日常數據處理過程中經常用到的一種圖。圖雖小，但實用性卻非常高！
做轉錄組項目，重要的就是看每個基因的表達量，根據表達量差異找出差異基因，從而研究差異基因的功能。而在作圖之前重要的就是按照特定條件找出差異基因，此方面我們分為三類來介紹如何按需篩選差異基因：
1.共有差異基因；
2.共有上調基因或共有下調基因；
3.一組上調，另一組下調基因。
在轉錄組項目提供的結果中，有一個差異基因匯總的表格名為diff_gene_of_all_groups，它就是我們今天數據來源的主角了，一般安安靜靜的躺在這里：
我們通篇軟文干貨的講解都以此數據為基礎，我們假設有四個分組：A、B、C、D
六個比較組：A_vs_B、A_vs_C、A_vs_D、B_vs_C、B_vs_D、C_vs_D
在Excel表格中有一個多條件篩選功能，這個功能對于提高效率有著質的飛躍：
1. 共有差異基因
在diff_gene_of_all_groups表格中，上調的基因標為up，下調標為down，--為非顯著差異基因。假如我們想查找在A_vs_B、A_vs_C中的共有差異基因，只需要按以下操作：
①點擊篩選
②選擇A_vs_B組
③選擇up和down（上調和下調）
④A_vs_C組進行同樣操作
此時第一列篩選出的所有基因即為A_vs_B和A_vs_C兩組共有的差異基因，下圖：
同理如果想篩選出三組或更多組的共有差異基因都可按此來操作。
2. 共有上調基因或共有下調基因
有了上面的鋪墊，我們接下來的講解就變得容易了很多，共有上調（下調）基因只需在1的基礎上，把③和④（選擇up和down）改為選擇up（或down）即可。
3. 一組上調，另一組下調
前面操作一致，只需要在上述操作中把③和④分別改為A_vs_B選擇up且A_vs_C選擇down。
同理如果想要獲取多個組不同類型（上下調）的共有差異基因，可以根據需求在比較組中自由選擇。
講到這里，我們作圖數據就算是整理好了，接下來開始講解本文的主體部分，韋恩圖的制作。韋恩圖的制作網站和方法千千萬萬，我們這里選取典型的三種來為大家講解。
一、云分析
如果您的項目是我們的真核有參轉錄組云平臺項目，那么韋恩圖的制作對您來說就要相對簡單一些，因為我們的云平臺會自動的將您的比較組進行整理羅列，您只需按照下圖方式進行選擇，即可自由選擇比較組制作韋恩圖。
除此之外，還提供了一些簡單的圖表調整：
當然您也可以在分析設置界面，自由調整分組方案以及比較方案：
二、派森諾基因云的“云圖匯”小工具
韋恩圖作圖網址：https://www.genescloud.cn/chart/VennPlot
在使用小工具之前要先注冊一個賬號，注冊完成后就可以使用所有小工具了（免費哦~），除了韋恩圖之外還有很多其他實用小工具供選擇，感興趣的老師可以去網站看一看。
還是以上文原始數據為例，如何制作A_vs_B、A_vs_C、A_vs_D三個比較組上調基因的韋恩圖呢？
首先，將每個比較組中的上調基因篩選出來：
參照上文Excel篩選功能，將A_vs_B組篩選處選為up，第一列中的gene_id即為A_vs_B組所有的上調基因。將其單獨放到一個Excel表格，并標為A_vs_B列。
同理篩選A_vs_C和A_vs_D比較組：
注意：細心的老師可能已經發現了，在篩選A_vs_C和A_vs_D比較組時，A_vs_B比較組的篩選條件已經從up調回了all（即--+up+down）。在選取一個比較組的上調基因時一定要確保不受其他組干擾！
將三組合并到同一個Excel之中：
此時我們的作圖數據已整理完畢，但是我們的云圖匯小工具暫時只支持txt、tsv、csv三種格式，所以我們需要做一步格式轉換，右擊另存為文本文件或者CSV格式即可。
最后按照圖示順序上傳數據即可：
可點擊上圖4處下載高清PDF格式圖片。
另如果想知道上述交集處數字9代表的是哪些基因，應該怎么做呢？
當然簡單的方法即是點擊數字9即可在下方滾動區域顯示gene_id列表。
除了上述方法外我們還有另一種方法可以選擇：
只需要按照上述篩選功能在Excel表格中倒推即可。選擇在三個比較組中都上調的基因，下圖所示第一列即為在三個比較組中都上調的基因（正好是9個，還可驗證作圖是否正確）：
同理也可推出其他交集數字所代表的基因是哪些，按照比較組上下調關系篩選即可。
三、韋恩圖在線繪制網址-jvenn
網址：http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html
如上圖所示，該網站整體界面非常簡潔，可以直接將gene list粘貼到網站上無需上傳文件，且支持最多六個比較組的韋恩圖制作（上述兩種方式最多只能制作五個比較組的韋恩圖）。也可在右下方自由更改組名以及填充顏色。
該網站還支持直接導出CSV格式的表格，方便直接查看各個比較組的共有差異基因：
以上就是今天給大家介紹的三種韋恩圖作圖方式了，是不是既簡單又實用呢~大家可以根據自己的喜好來進行選擇。
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