2021-02-07
Q1、10X單細胞測序可以研究什么RNA？
10X單細胞測序利用polyT標記polyA，因此含有polyA的mRNA可以通過10X單細胞測序方法進行研究，包括真核生物的mRNA，lncRNA，以及有polyA的部分病毒的RNA。不含有polyA的mRNA，如miRNA，circleRNA、原核生物的mRNA以及核糖體RNA，則不能用現有的方法進行分析。除mRNA以外的研究，可參考以下文章： LncRNA的單細胞水平研究： 病毒的單細胞水平研究： Q2、都是單細胞測序，10X單細胞測序和smart-seq有什么區別？ smart-seq是一個細胞建一個文庫，因此價格是按照細胞數目進行計算的，這決定了當細胞通量達到較大數值時，項目預算會非常巨大。10X是一個樣本一個文庫，單個樣本的細胞數目是幾千到一萬，因此價格核算到細胞水平，每個細胞的價格在幾元。因此10X單細胞測序更有利于高通量的單細胞轉錄組研究。Smart-seq是一個全長轉錄組的測序，10X單細胞只針對3’端或5’端的150bp的測序，因此，如果想要關注全轉錄本的序列，smart-seq是更好的選擇。10X僅適用于直徑在40um以下的細胞，因此，若想要研究直徑較大的細胞，可選擇smat-seq或者10X的單細胞核測序。 Q3、10X單細胞測序和smart-seq可以放在一起分析嗎？ 可以的。 不過數據需要標準化。通常需要比較大量的smart-seq數據才可以。 聯合分析可參考以下文章： Q4、單細胞懸液制備有困難怎么辦？ 派森諾的單細胞懸液制備團隊可為客戶的高度個性化樣本進行一對一的研發，涵蓋了包含人、小鼠及其它多個物種的骨骼、肌肉、脊髓、大腦等多個組織類型。如果有困難，聯系您的派森諾銷售顧問吧，相信會收到意想不到的驚喜~ Q5、組織樣本不適合運輸怎么辦？ 派森諾的單細胞建庫團隊可為客戶提供上門建庫服務。無論時間，無論地點，僅需一個電話，隨叫隨到的貼心服務立刻送達，讓樣本在最佳狀態下完成檢測。 Q6、細胞捕獲效率不好怎么辦？ 針對細胞捕獲效率，派森諾提供了多次質控過程。首先，建庫過程中提供一個油包水結構的圖片，顯示油包水已經正常形成；其次，建庫完成后提供文庫質控結果，顯示已經有足夠數量的cDNA形成文庫；再次，提供10G免費試測和分析服務，顯示細胞捕獲、基因組比對和細胞內基因表達情況。層層把關，讓實驗的每一步都安安心心。 Q7、拿到數據不知道怎么用怎么辦？ 這是發表文章的關鍵所在，也是研究者需要不斷思考的問題。小編根據不同文獻整理了幾個可供分析的出發點，謹供參考。 1. 從case組是否存在特殊類群細胞出發； 2. 從case組和control組的特定細胞類群的數目出發； 3. 從case和control組的差異表達基因出發。 特殊細胞類型： 檢測到腫瘤病人組織特有的細胞類群TSK，分析這群細胞在組織上的分布，確定這些細胞在腫瘤擴展中的意義。 細胞數目： 發現在case組中的兩個細胞類群（小膠質細胞和星形膠質細胞）的細胞數目存在差異；進而關注到這兩類細胞，將這兩類細胞進行重新分群，發現case組的subcluster0和1的細胞數目存在差異；進而關注到這兩個亞群的細胞，分析這兩個亞群的marker基因。 差異表達基因： 分析case和control的差異表達基因，此處設置了青年組，中年組和老年組三組的兩兩比較。首先比較了不同細胞類型在組間的差異基因，并挑選了隨著年齡增長表達上調和下調的基因，做擬時序分析，針對某一個geneset，分析geneset在組間的差異。分析組間差異的轉錄因子和下游基因，以及組間差異基因的GO分析。
