2021-02-01
自從單細胞轉錄組在2018年被Science評為年度突破技術以來，單細胞技術為生命科學研究打開了另一扇大門，全球的科學家進入了揭示生命奧妙的快車道。2019年，單細胞多組學技術被Nature Methods評為年度技術。到了2020年，登上Nature Methods年度技術的則是與單細胞轉錄組測序相輔相成的“空間轉錄組技術”。單細胞技術正在一次又一次地創造奇跡，見證歷史。
之前有銷售小伙伴問我，作為小白，是否可以這樣理解：只做單細胞測序就好比有一盤洗干凈的葡萄，我一顆一顆都吃完了，就可以知道哪顆葡萄最甜，但并不知道這串葡萄的每一顆葡萄的位置；只做空間轉錄組就好比從樹上摘下的一串完整的葡萄，可以知道每一顆葡萄的具體位置但并不知道哪顆葡萄最甜；而單細胞測序結合空轉則可以告訴我們最甜的那顆葡萄在哪里。是的，就是這個道。
10X官網曾經對空間轉錄組技術有過非常權威的解讀，今天小編就帶著大家一起了解一下業界權威對它的評價吧~
Visium空間轉錄組技術是第一個商業化的可檢測空間范圍內的全轉錄組基因表達譜的技術。它給我們提供了從同一個切片上獲得的兩種相互補充的數據：一是切片的影像學數據，二是針對這個切片的深度的基因表達譜。
我想要在我感興趣的區域里檢測基因表達（如免疫熒光、免疫組化、原位雜交），但是空間轉錄組測序可以一次性地做了成千上萬次實驗，譬如你捕獲了所有的信息，然后存儲在那里。之后利用軟件進行從容地查看，篩選你需要的信息。這跟以往的其它技術都不一樣，如果你未得到最佳數據，就需要從頭重復整個實驗。
我們可以用分子釋義工具，比如GSEA分析，做病理學家的工作：確定這是腫瘤，這是基質，這是免疫結構。除此之外，我們還可以定非常明確地闡釋，這些細胞是由這些信號傳導通路激活的，另外一些細胞是由完全不同的信號通路激活的。雖然我們在解剖學上可以看到組織學特征，但是你會想是什么分子機制決定了它們，現在我們能用10X visium空間轉錄組測序做這個事了。
Bulk RNA測序的時代即將過去，而如今單細胞測序正是如日中天，而空間轉錄組技術將是下一個未來。在未來，單細胞分辨率的空間轉錄組技術將成為一個標準。正如Hongkui Zeng (director of the Allen Institute for Brain Science)所說，當你在組織中有所發現，然后再回溯到空間分辨的單細胞遺傳信息，如果您投出的論文中沒有進行空間全轉錄組的測序，編輯的常見反應將會是問你“為什么不呢？”
