2020-12-21
單細胞測序作為解析組織異質性的研究利器，在多個領域都具有廣泛的應用前景。在免疫學領域中，不同類別的免疫細胞可借由單細胞測序將不同類別細胞的轉錄組一一呈現(xiàn)和分析。免疫細胞在識別不同類別抗原，產生特異性免疫反應過程中，VDJ基因重排，呈現(xiàn)及其豐富的異質性。這樣的異質性解析，單細胞測序系列的另一款解決方案，單細胞TCR/BCR，則是較好的研究手段。
今天，小編為大家介紹一篇單細胞TCR測序結合單細胞測序，研究新冠病人免疫圖譜的文章，讓我們一起學習，單細胞測序如何在萬眾矚目的研究領域，發(fā)揮其技術優(yōu)勢。
發(fā)表雜志：Nature Medicine
影響因子：36.13
發(fā)表時間：2020年6月
關鍵詞：新冠COVID-19，支氣管肺泡灌洗液（BALF），免疫細胞，單細胞轉錄組測序，單細胞TCR測序
研究思路
作者用單細胞轉錄組測序技術對不同程度的新冠患者（3例中度感染患者、6例重度感染患者）和健康對照組（3例）的支氣管肺泡灌洗液（BALF）免疫細胞進行了鑒定。最后獲得31個不同的cluster，比如，巨噬細胞，中性粒細胞、髓樣樹突狀細胞、漿狀樹突細胞、NK細胞、血漿細胞、上皮細胞、T細胞、B細胞等。比較了健康人、中毒感染患者、重度感染患者的細胞數(shù)目差異以及差異表達基因，分析新冠肺炎患者肺泡灌洗液中的免疫圖譜。
基于免疫反應過程中抗原識別的TCR重排，作者進行了單細胞TCR測序研究。無論是克隆型數(shù)目還是克隆型擴增，ZNF683+ CD8+ T細胞在中度患者和重度患者中均存在巨大差異。因此，新冠重癥患者中的CD8+ T細胞的擴增受到了比較大的影響，進一步證實了新冠重癥患者中的炎癥風暴。
同時，作者提到該研究的幾個不足之處，包括患者數(shù)量有限且不均勻，缺乏感染前后的縱向樣本。此外，由于B細胞數(shù)量少，無法分析B細胞的反應。年齡、既往疾病和免疫調節(jié)療法的影響不能進行完全評估。然而，支氣管肺泡免疫細胞的分布已經揭示了新冠免疫發(fā)病機制中的異常巨噬細胞和T細胞反應。
參考文獻：Liao M, et al. Single-cell landscape of bronchoalveolar immune cells in patients with COVID-19. Nature Medicine (2019) PMID: 32398875.
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