2020-12-09
還在苦惱研究對象沒有參考基因組嗎？還被困在無參無法發高分的魔咒中嗎？沒有參考基因組？真的沒關系！
接下來我們以2020年最新發表的兩篇無參轉錄組文章為例，一起學習一下在高分雜志中無參轉錄組應該如何捕獲編輯 “芳心”！
文章一
無參轉錄組分析揭示硬殼蛤（Mercenaria mercenaria）色素沉著的初步分子機制（IF：6.205）
研究背景
顏色在偽裝，性選擇，免疫和進化中起著至關重要的作用。軟體動物具有鮮明的外殼顏色，色素沉著在幼年期就已經開始。硬殼蛤（Mercenaria mercenaria）是廣受養殖的雙殼類動物，經濟價值很高。為了探究幼年蛤中色素沉著的分子機制，本研究對無色素、白色和紅色硬殼蛤進行了RNA-Seq分析，選出差異基因并對其進行KEGG注釋，初步揭示了硬殼蛤色素沉著的分子機制。
研究思路
部分數據展示
研究結論
與果蠅和斑馬魚的身體色素沉著相比，殼色素沉著是一個復雜的過程，尤其是在幼年時期，人們對其知之甚少。色素是貝殼顏色產生的主要原因。在本研究中，我們對非色素沉著、白色和紅色硬殼蛤進行了RNA-Seq分析，以探討其色素沉著的機制。DEGs參與黑色素瘤/黑色素形成、ABC轉運體、類胡蘿卜素代謝相關途徑、卟啉和葉綠素代謝，可能參與色素的形成和調控。這些發現表明黑色素和類胡蘿卜素可能是硬蛤殼的主要色素。特別是與脂質轉運、ABC轉運蛋白、卟啉和葉綠素代謝相關的基因，可能是這些蛤蜊殼呈紅色的原因。
文章二
微小亞歷山大藻及其產物膝溝藻毒素對鹵蟲（Artemia salina）毒害作用轉錄組
研究背景
有毒微藻類的擴散已成為對海洋環境，人類健康和水產養殖業的全球威脅。亞歷山大藻屬是最常見的會產生水華的藻類，并引起麻痹性貝類中毒（PSP），這是最關鍵和最普遍的有害微藻類中毒綜合癥之一。亞歷山大（Alexandrum）屬有許多種，其中微小亞歷山大藻（Alexandrum minutum）在全世界沿海地區分布最廣，且主要產生膝溝藻毒素。微小亞歷山大藻（A. minutum）和膝溝藻毒素對營養水平較低的物種，特別是無脊椎動物，尤其是甲殼類動物的影響在很大程度上尚不清楚。在本研究中，以鹵蟲為研究有機體，以研究暴露于A. minutum或細胞外產物GTX2 / 3所產生的影響。
研究思路
部分數據展示
研究結論
在本研究中，采用轉錄組譜分析法證明了A. minutum或GTX2 / 3對鹵蟲的影響。該轉錄結果是首個應用RNA-Seq來研究在真實環境密度或濃度下，A. minutum或GTX2/3對鹵蟲毒害響應的轉錄組報告。暴露于A. minutum或GTX2 / 3的鹵蟲中轉錄組的反應并不完全相同，這可能為分析受到環境相關劑量的A. minutum或GTX2/3的影響以及鹵蟲如何適應暴露提供了新的機制方面的見解。
總 結
以上兩個案例有兩個最大的共同點：無參+高分！且研究思路都沒有很復雜，都是我們普通轉錄組的研究方法，但是經過作者的精心雕琢，依然能被高影響因子雜志的編輯所認可，所以其寫作和描述方式值得我們大家一塊學習。
從這兩個案例我們可以看出，即使沒有前人乘涼的參考基因組，沒有復雜多變的研究方法，用我們派森諾無參轉錄組標準分析數據加上客戶的精準挖掘，依然能輕松占領高分營地！
下面鏈接為以上兩篇文章詳細信息，僅供學習使用。如有問題，歡迎與我們取得聯系~
1.Zhi Hu, Hao Song, Cong Zhou, et al., De novo assembly transcriptome analysis reveals the preliminary molecular mechanism of pigmentation in juveniles of the hard clam Mercenaria mercenaria[J]. Genomics, 2020,Pages 3636-3647,ISSN 0888-7543.
https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2020.04.020.
2. Xianliang Yi, Keke Zhang, Renyan Liu, et al., Transcriptomic responses of Artemia salina exposed to an environmentally relevant dose of Alexandrium minutum cells or Gonyautoxin2/3[J]. Chemosphere, Volume 238,2020,124661,ISSN 0045-6535.
https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2019.124661.
