2020-12-07
小伙伴們大概已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了，無論哪篇單細胞測序的文章，都會告訴讀者一共獲得了多少個細胞進行分析，并且細胞的數(shù)量基本都在1萬以上，高分文章，細胞數(shù)量則可達十幾萬甚至幾十萬。比如，這篇今年發(fā)表的nature文章，一共做了23個器官，捕獲到了35萬多個細胞，堪稱航空母艦級別。
細胞數(shù)量，為什么這么重要？細胞數(shù)量，是越多越好嗎？高分文章，一般需要多少個細胞？我們的研究中，該如何設(shè)定細胞數(shù)量？ 相信這些問題，小伙伴們一定都很關(guān)注吧。 細胞數(shù)量，為什么這么重要？ Bulk RNA測序，一般需要設(shè)置三個生物學(xué)重復(fù)。常常有小伙伴會問，單細胞測序，怎么設(shè)置生物學(xué)重復(fù)呢？一般情況下，單細胞測序的一個細胞，可視為一個重復(fù)，當(dāng)然，當(dāng)目光聚焦到單個細胞個體，生物學(xué)重復(fù)就需要是成千上萬級別了。細胞數(shù)目越多，區(qū)別不同細胞之間的差異越精確，研究細胞間精細的差異意義越顯著。所以，提高細胞總數(shù)，是一個比較有意義的建議。 高分文章，一般需要多少個細胞？ 高分文章，一般需要多少個細胞？統(tǒng)觀目前的單細胞測序文章，大概分為兩類。一是對細胞圖譜的描繪，這樣的工作，對各類細胞做了精確描述，細胞總數(shù)，大概都達到十萬以上。這樣的工作，通常會發(fā)很高的雜志，因為其數(shù)據(jù)是一個非常重要的資源，對未來的科學(xué)研究具有很大的意義。前面提到的這篇nature文章，就屬于這一類。 另外一類，則是以單細胞測序作為一種研究手段，著力于研究某一個生物學(xué)問題。這樣的文章，通常是更值得研究者借鑒的文章，對細胞總數(shù)的要求，也相對低一點，我們不妨挑選幾篇文章，做一個詳細的比較。 1、 發(fā)表雜志：Nature 發(fā)表時間：2020年 影響因子：42.788 研究領(lǐng)域：神經(jīng)發(fā)育 細胞分選：否 共計細胞數(shù)：59379 樣本數(shù)：16 每樣本平均細胞數(shù)：3712 2、 發(fā)表雜志：Nature Neuroscience 發(fā)表時間：2020年 影響因子：20.271 研究領(lǐng)域：神經(jīng)發(fā)育 細胞分選：否 共計細胞數(shù)：28726 樣本數(shù)：4 每樣本平均細胞數(shù)：7182 3、 發(fā)表雜志：Nature Communications 發(fā)表時間：2020年 影響因子：12.121 研究領(lǐng)域：新冠 細胞分選：否 共計細胞數(shù)：13239 樣本數(shù)：5 每樣本平均細胞數(shù)：2648 4、 發(fā)表雜志：Cell Reports 發(fā)表時間：2019年 影響因子：8.109 研究領(lǐng)域：胃癌 細胞分選：否 共計細胞數(shù)：56440 樣本數(shù)：13 每樣本平均細胞數(shù)：4342 5、 發(fā)表雜志：Cell 發(fā)表時間：2020年 影響因子：38.637 研究領(lǐng)域：腫瘤免疫 細胞分選：CD4+,CD8+ 共計細胞數(shù)：19839(CD4+), 10762(CD8+) 樣本數(shù)：7 每樣本平均細胞數(shù)：2834(CD4+),1538(CD8+) 6、 發(fā)表雜志：Cancer Discovery 發(fā)表時間：2020年 影響因子：29.497 研究領(lǐng)域：腫瘤免疫 細胞分選：CAF-F1 共計細胞數(shù)：18296 樣本數(shù)：8 每樣本平均細胞數(shù)：2287 我們的研究中，該如何設(shè)定細胞數(shù)量？ 根據(jù)以上文章，我們可見，細胞總數(shù)，一般都需要達到萬級甚至十萬級。而單個樣本中的細胞數(shù)目，都沒有超過1萬。細胞濃度越高，油包水結(jié)構(gòu)中捕獲到雙細胞的概率越高。如果想要細胞的分群更精確，細胞總數(shù)需要提高，更推薦的方案是提高樣本數(shù)量，而不是提高細胞懸液的濃度。 小伙伴們，關(guān)于細胞數(shù)量的設(shè)定策略，你是否get到了呢~
