2020-12-04
在前面的一講中【派森諾基因云】一鍵玩轉QZV，帶您體驗純正的QIIME 2?。c擊查看），我們演示了如何通過派森諾基因云，獲取物種分類組成的QZV文件，并通過QZV獨有的交互可視化系統，查看比較不同樣本或分組中，物種組成在門/綱/目/科/屬/種各水平上的變化規律。
今天，讓我們一起繼續感受QIIME 2專屬QZV文件的魅力。今天出場的是“主坐標分析”，即PCoA（Principal coordinates analysis），是一種經典的非約束排序分析方法。PCoA以樣本距離為整體考慮，相比于主成分分析（Principal components analysis，PCA），更符合生態學數據特征，因此作為排序分析手段，更為推薦使用。在分析時，我們會依據樹文件的有無計算Jaccard、Bray-Curtis、unweighted UniFrac和weighted UniFrac等4種距離度量，并輸出PCoA分析結果和QZV文件。
那么，PCoA分析的QZV文件，該如何使用呢？
1、首先我們需要找到用于調整的QZV數據
① 通過“派森諾基因云”獲取數據的項目：
可以在“Beta多樣性分析 / 距離矩陣與PCoA分析”頁面，右上方的鏈接中下載QZV文件：
也可以在右側分析設置中選擇不同的距離算法，點擊運行之后下載相應的QZV文件：
②通過“派森諾基因云”以外方式獲取數據的項目：
Treat***\2.4.1_bdiv\PCoA_3D（注意是QIIME 2版本）
2、打開網站（https://view.qiime2.cn/），點擊上傳或拖拽QZV文件至主頁灰色方框內，即可實現QZV文件的可視化，下面就是拖拽文件后的展示效果：
至此，我們已經得到了PCoA可視化的基礎效果，接下來就可以通過鼠標點點點，來調整展示形式啦~
3、通過Visualization模塊，可以選擇樣本、調整展示角度、改變圖標顏色、形狀、大小、透明度以及選擇作圖的坐標軸等：
鼠標按住圖片區域滑動，可以360°的轉動圖片，隨后將圖片調整到所需要的合適角度：
同時還可以選擇Color和Shape對分組和每個樣本的顏色以及形狀進行調整，選擇不同的顏色和形狀，用來更好的展示樣本以及各組間/組內的差異大小，反映微生態群落的組成結構變化趨勢：
點擊Axes選擇需要展示的坐標軸，比如二維還是三維排序；也可以對坐標軸和標簽以及背景的顏色進行調節。同時圖片右側還列出了前五坐標軸對于樣本間差異的解釋度，也就是坐標軸括號中的百分比，代表了對應坐標軸所能解釋的樣本差異數據（距離矩陣）的比例。
最后，我們需要將調整好的PCoA的圖片保存下來，方便應用到文章當中：
說到這里，再給大家介紹下我們的派森諾“基因云”。在“云分析”和“云圖匯”板塊中，同樣可以進行二維PCoA的分析和調整，只需要在分析設置中點擊鼠標操作即可！我們在這里附上一張云分析中的PCoA分析圖，感興趣的老師可以了解下哦~
以上就是今天給大家講解的PCoA分析中QZV文件的可視化方式了，大家可以根據喜歡的方式調整出圖哦~如有操作問題，也歡迎討論區留言或者發郵件給小編喲（郵箱地址：[email protected]）！
