2020-11-12
今天我們來說說關(guān)于DNA甲基化檢測和CpG島的小常識~~~
DNA甲基化是什么？
DNA甲基化是最早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA甲基化能關(guān)閉某些基因的活性，去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鳥嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化，而真核生物中甲基化僅發(fā)生于胞嘧啶。DNA的甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?'甲基胞嘧啶。這種DNA 修飾方式并沒有改變基因序列，但是它調(diào)控了基因的表達。脊椎動物基因的甲基化狀態(tài)有三種：持續(xù)的低甲基化狀態(tài)；高度甲基化狀態(tài)；去甲基化狀態(tài)。
CpG島是什么？
基因的啟動子區(qū)域5’端非翻譯區(qū)和第一個外顯子區(qū)，CpG序列密度非常高，超過均值5倍以上，成為鳥嘌呤和胞嘧啶的富集區(qū)，稱之為CpG島富含CpG區(qū)域，長度200bp~1kb，GC含量超過55%.
一般情況下與甲基化研究最密切的就是腫瘤這一塊，讓我們看看兩者有什么樣聯(lián)系吧。
DNA甲基化發(fā)生與腫瘤發(fā)生
關(guān)于技術(shù)原理
用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，則未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，而發(fā)生甲基化的胞嘧啶不變。根據(jù)某一待測位點或者調(diào)查的某一區(qū)域序列設(shè)計引物進行PCR擴增，通過PCR電泳、測序、熒光定量及NGS等方法對擴增產(chǎn)物進行檢測，根據(jù)檢測結(jié)果分析哪些位點發(fā)生了甲基化及其甲基化的頻率。
關(guān)于亞硫酸氫鹽測序法（Bisulfite Sequencing PCR，BSP）
針對客戶要調(diào)查的DNA區(qū)域設(shè)計BSP引物進行PCR擴增，將擴增產(chǎn)物克隆后提取陽性克隆進行測序，最后對測序結(jié)果進行分析。BSP法方案：
①BSP引物設(shè)計：針對目的基因區(qū)域進行BSP引物的設(shè)計（擴增產(chǎn)物
300 bp左右）。
②亞硫酸氫鹽處理樣品基因組：基因組DNA進行亞硫酸氫鹽處理。
③PCR：擴增客戶感興趣的區(qū)域。
④克隆到載體：將PCR產(chǎn)物純化后連接到常用載體上。
⑤抽質(zhì)粒測序：挑取10個陽性菌斑接菌培養(yǎng)，抽質(zhì)粒并測序。
關(guān)于BSP法流程
甲基化CPG島預(yù)測→甲基化引物設(shè)計、合成→基因組DNA提取→亞硫酸氫鹽處理→甲基化特異PCR擴增→連接克隆→抽質(zhì)粒測序→結(jié)果分析
甲基化擴增子測序法
那么基因組DNA通過亞硫酸氫鹽（bisulfite）處理，用PCR擴增目的片段，除了通過BSP克隆測序法獲得結(jié)果外，還可以怎樣大幅降低研究費用，獲得更多的有效數(shù)據(jù)呢？擴增子測序法就是一個很好的選擇，結(jié)合二代測序平臺（Ion Proton/illumina Miseq等主流測序平臺）并對PCR產(chǎn)物進行測序，從而獲得目標區(qū)域甲基化的序列。
關(guān)于我們的要求
客戶提供要調(diào)查的基因名稱或基因ID、種屬；
客戶提供要調(diào)查的甲基化區(qū)域或某些位點；
客戶提供要出現(xiàn)在報告里樣品的編號；
所有樣品建議干冰寄送，至少冰袋運輸，保持低溫，保證樣品質(zhì)量。
關(guān)于送樣要求
細胞≥10^6個
組織≥100mg （黃豆大?。?/span>
全血≥0.5mL
基因組50ng/uL 20uL
口腔拭子≥ 2根，唾液≥0.5mL
石蠟切片≥ 3片
關(guān)于我們的服務(wù)
企業(yè)發(fā)展，服務(wù)為本；
優(yōu)質(zhì)服務(wù)，誠信為本。
關(guān)于我們的周期
常規(guī)檢測任務(wù)一般22個工作日內(nèi)完成，具體時間根據(jù)樣本數(shù)量、基因個數(shù)和片段個數(shù)來定。
關(guān)于我們的結(jié)果
關(guān)于我們的聯(lián)系方式
聯(lián)系方式：4009202898、021-64502808-8004
下單郵箱：[email protected]
