2020-08-18
近日收到不少老師的郵件和電話，咨詢如何將細菌基因組denovo測序數據上傳至NCBI？攻略千千萬、眼花繚亂，不知道該選擇哪個是好？對于初次上傳基因組的小白來說，這個確實有點犯難。
別著急，小編整理了細菌基因組denovo上傳至NCBI的完整流程，保證簡單、高效又方便。
基本流程
1、NCBI注冊
注冊網站：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners
打開NCBI注冊網站，按照網頁上的要求進行個人信息填寫，需要注意的是此處要填寫郵箱，一般不建議使用qq郵箱、163郵箱和foxmail郵箱，因為這些郵箱經常會存在接收不到NCBI郵件的現象。所有信息都填寫完成后點擊Create account，郵箱會接收到NCBI發過來的網站，打開此網站進行激活即可完成賬號注冊。
2、基本信息填寫
打開NCBI官網https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，輸入賬號和密碼，點擊網頁上的Submit欄可進入GenBank界面，找到細菌基因組提交欄，點擊進入即可開始本次的提交（或直接點擊https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/genome/進入提交界面）。
具體步驟如下：
1、點擊New submission進入，此步操作可以得到SUB號；
2、選擇Single genome（因為細菌denovo測序是針對單個基因組進行的），點擊continue；
3、進入SUBMITTER完善個人信息，此處的郵箱仍然不建議使用qq郵箱、163郵箱和foxmail郵箱；
4、General Information信息填寫（此處以未申請BioProject和BioSample號為例，如果已經申請過可以直接將對應的BioProject和BioSample號直接填寫即可）：
（1）BioProject和BioSample處選擇NO，釋放數據日期可根據自己的需要來進行選擇；
（2）組裝和測序信息填寫（可根據結題報告上給出的信息進行填寫）：
細菌框架圖項目的組裝軟件：A5-Miseq，版本V20160825；Spades，版本V3.12；
細菌完成圖項目的組裝軟件：Fyle，版本V2.5；CANU，版本 V1.7.1；
（3）測序深度及測序平臺的選擇:
測序深度=測序數據量/基因組大小（我司結題報告上一般會給出）；
測序平臺：二代一般為Illumina平臺；三代一般為Pacbio/Nanopore平臺；
（4）填寫基因組的組裝信息以及是否有關聯的文章，填寫完成后點擊Continue進入下一步；
3、BioProject信息填寫
菌株英文描述（大概100個左右word ）：描述下該菌株進行全基因組測序的目的、意義及用途（工業/農業/醫療等等）等信息(共性\不同)，填寫完成后點擊Continue進入下一步；
4、BioSample信息填寫
1、選擇Microbe，點擊Continue進入下一步；
2、BioSample Attributes:填寫物種拉丁名稱及菌株名；菌株的來源，保存單位（xxx單位分離及分離信息 xxx單位保存或 xxx保藏中心保存）和樣本收集時間；
3、source：是否需要NCBI注釋——選擇Yes；
5、Sequence上傳，信息填寫
1、Files：細菌完成圖如果只組裝出一條染色體，沒有質粒可選擇選項1；細菌框架圖組裝出多條contig或細菌完成圖組裝出了多條完整的染色體/質粒可選擇選項2；
2、選擇網頁版上傳，并將基因組中的染色體和質粒的fasta文件全部上傳，上傳后點擊Continue進入下一步；
3、Assignment：需要確認組裝得到的染色體有幾條、是否含有質粒，染色體和質粒是否為完整的環狀的，以及Sequence ID需要與fasta文件中>后名字一致。在提交質粒信息的時候，質粒的命名為以“P”開頭的名字或者命名為unnamed、unnamed1......
4、填寫作者名字及排序，以及該基因組是否有相關聯的文章，點擊Continue進入下一步；
6、數據提交
核查已填入的信息是否有誤，有問題的話返回對應的界面進行修改，確認無誤后點擊Submit完成本次NCBI上傳。一般上傳一個星期內NCBI會發郵件到郵箱，給出相應的登錄號，這個登錄號可直接用于后續的文章中。
以上就是細菌基因組上傳至NCBI的詳細步驟，是不是已經學會了？趕快用自己的數據來試試吧！如果大家在上傳過程中有任何疑問，歡迎和我們一起探討，可在文末留言或者郵件交流（[email protected]）。
下一期我們將介紹《小基因組上傳NCBI的流程》，感興趣的老師可以提前預定哦，我們下期不見不散。
