2020-07-28
繼上篇的m6A（RNA甲基化）自我介紹之后（直戳 今夏“C”位出道的“國自然”選手，算我一個 進入），今天我們一起來看看m6A修飾的檢測方法，用對方法，事半功倍。
根據m6A（RNA甲基化）檢測平臺，我們將其分為質譜法、光譜比色法和高通量測序法（meRIP-seq）。
該方法主要通過使用結合酶處理和離子打碎的方式，把核酸打碎成核苷和堿基，通過質譜譜圖和峰強度計算出m6A和總A的比例，從而得知m6A的整體水平。此種方法無法將m6A修飾定量到具體是哪種RNA發(fā)生了修飾以及修飾的具體位置，并且操作較為復雜，價格較為昂貴，平臺限制較強。
圖1 質譜檢測m6A修飾的核苷色譜圖
該方法同質譜法相同的一點在于：都是揭示樣本m6A修飾總體水平，但是方法更為簡單易操作。其方法原理類似于蛋白的Elisa檢測。將目標RNA同m6A抗體孵育，然后將孵育后液體轉移至包被m6A的孔板中孵育，然后洗脫（只有和孔板中m6A結合的m6A抗體才能保留下來），進行抗體信號生成反應，最后檢測抗體信號。在整個實驗過程中會使用到標準品的標準曲線進行精準定量。該方法一大優(yōu)點是目前市面上已有眾多成熟的試劑盒，可直接購買使用，方法成熟，操作簡單，靈敏度高。
圖2 比色法檢測樣本中的m6A整體水平
高通量測序，相信關注過我們公眾號的老師們都不陌生，高通量測序主要是依賴于高通量測序儀對核苷酸序列實現(xiàn)序列組成測定的技術，因此，通過高通量測序技術檢測m6A修飾（其中應用熱門的技術就是MeRIP-seq）。那么我們就可以得知發(fā)生甲基化修飾的序列來源于哪個基因，甚至得知它的位置信息。具體怎么實現(xiàn)的呢？我們一起看一下。
圖3 高通量測序技術檢測m6A的詳細位置和修飾水平
1、針對全基因組范圍內檢測m6A的存在；
2、m6A的檢測結果可以精確到基因；
3、能夠明確每個基因的修飾水平，進行組與組之間比較；
4、檢測平臺為測序儀，儀器限制低，通用性高，重復性好；
5、結果可以和其他組學聯(lián)合分析，從多維度講述機制機理故事；
6、實驗操作簡單，入門容易。
希望通過今天的介紹，對于想做m6A修飾研究的老師能提供一些幫助，明確自己的研究目的，選擇合適的檢測方法，得到符合預期的結果，發(fā)出高分的文章~~
